Presenta diversos aspectos de la cultura novohispana, así como de los ocupantes originales del inmueble donde está instalado. Su sede es el antiguo Colegio Jesuita de San Francisco Javier en Tepotzotlán, en el actual Estado de México. Fue inaugurado el 19 de septiembre de 1964 con el propósito de ofrecer un amplio panorama de la vida durante la dominación española, pues no existía en el país un museo que abarcara los 300 años (1521-1821) que duró dicho periodo. El inmueble es una joya en sí mismo. Restaurado a conciencia en su totalidad, conserva todas las dependencias originales, las cuales fueron construidas y decoradas entre 1606 y 1767: la iglesia con su sacristía y capilla; dos claustros de dos niveles cada uno, el de los Aljibes y el de los Naranjos, con sus respectivos aposentos; la capilla doméstica —de San Pedro Apóstol—, la biblioteca, el refectorio y la cocina. Aquí se alojaban, estudiaban, oraban y descansaban los profesores, alumnos y trabajadores del colegio. El atrio y la huerta rodean el edificio. Anexo al Claustro de los Aljibes se encontraba el patio de la hospedería con sus caballerizas, pues la relativa clausura obligaba a los posibles huéspedes a alojarse en esta zona, por estar fuera del área restringida. En la actualidad, este lugar funciona como restaurante u hostería del Colegio.

Recorrer cada uno de los espacios, algunos de ellos ambientados como pudieron haber estado en la época en que el noviciado jesuita funcionaba, ofrece al visitante una visión de la vida cotidiana de las personas que lo habitaron, así como la oportunidad de apreciar las espléndidas manifestaciones de arte barroco que existen en el lugar.

El Museo Nacional del Virreinato abarca desde los antecedentes de la Conquista de México en 1519-1521, hasta las primeras causas de descontento social que desembocaron en el movimiento insurgente de 1810. Está integrado por 22 salas ubicadas tanto en la parte baja del Claustro de los Aljibes como en la parte alta del Claustro de los Naranjos, y exhibe objetos diversos como pintura, escultura, cerámica y textiles. También se ocupa de la vida conventual femenina en el Virreinato, con una colección de más de 20 retratos de monjas coronadas que, por su número y relevancia artística e histórica, es la más importante de su género en América Latina. Aborda también las artes y oficios de la Nueva España, y el intercambio comercial y cultural que sostuvo con el Oriente, con sus colecciones de marfil, porcelana, taracea y “enconchados”.

Es indispensable visitar el templo de San Francisco Javier, uno de los pocos templos barrocos en México que aún conserva las características con las que originalmente fue concebido. Los retablos fueron diseñados y elaborados por Miguel Cabrera e Higinio de Chávez a mediados del siglo XVIII.

Los jesuitas comenzaron a levantar su convento y colegio de San Francisco Javier de Tepotzotlán en 1606. La intención era abrir una escuela para niños indios, otra para novicios de la Compañía de Jesús y otra más a fin de que ellos y los jesuitas ya ordenados aprendieran lenguas indígenas de la Nueva España. Entre 1670 y 1682 se levantó el templo de San Francisco Javier. Carlos III de España “é Yndias”, en 1767, expulsó a los jesuitas de su imperio, lo que muchos novohispanos lamentaron profundamente. La fundación jesuita de Tepotzotlán quedó totalmente abandonada ocho años, hasta que el arzobispo de México la dio al clero secular, que la destinó a retiro de sacerdotes ancianos y enfermos, y a lugar de penitencia para sacerdotes de conducta réproba. El papa Clemente XIV, para congraciarse con los tres reyes que habían expulsado a los jesuitas de sus dominios (Portugal, Francia y España), suprimió la Compañía en 1773; en 1814 la restableció el papa Pío VII, y entonces regresaron, años después (quizá hacia 1819), algunos jesuitas, unos pocos ancianos de los muchos que habían sido expulsados: regresaron a Nueva España y a Tepotzotlán.

En 1859, por las Leyes de Reforma, el Colegio pasó a ser propiedad nacional, mientras que en el templo de San Francisco Javier siguió diciéndose misa. Hubo intentos por convertir en cárcel las instalaciones, pero la comunidad local no lo permitió. Más adelante el presidente Porfirio Díaz también consideró volver cárcel aquella estructura, igualmente sin éxito. La escuela de niños, en cambio, persistía. Durante la Revolución Mexicana, el general carrancista (después anticarrancista) Francisco Coss Ramos concibió antipatía por los profesores de Tepotzotlán, en especial por el padre Gonzalo Carrasco, el decano: como éste era también pintor, le ordenó que hiciera un retrato de don Venustiano Carranza y que él y sus compañeros se despojaran del hábito sacerdotal, a lo que el maestro se negó, y entonces el militar lo mandó recluir en la cárcel de Teoloyucan, en lo que sus soldados saqueaban la escuela y el antiguo convento. Nuevamente los jesuitas abandonaron Tepotzotlán. De tiempo atrás corría la voz de que en las instalaciones del lugar se había enterrado tesoros, y se rompió el piso y cavó en el templo y otros puntos del edificio en su busca, en 1928, 1931, 1932 y 1934, sin hallar nunca nada, pero perpetrando algunos daños a la vieja arquitectura.

En 1933 se declaró monumento nacional los templos y demás estructuras jesuitas de Tepotzotlán. Y en 1964 comenzaron por fin, a cargo del INAH, las obras sistemáticas de restauración, con el espléndido resultado que inauguró, en 1964, el presidente Adolfo López Mateos. El valiosísimo acervo de que se dotó entonces al nuevo Museo Nacional del Virreinato provino del Museo de Arte Religioso de la Catedral Metropolitana, el Museo Nacional de Historia y de donativos de coleccionistas particulares.