Como la mayoría de las haciendas que se fundaron en el estado de Aguascalientes, la producción de Peñuelas estuvo orientada a cubrir las necesidades alimenticias de los centros mineros del norte novohispano, dotándolos de grandes cantidades de carne y leche, maíz, frijol, trigo, cebada y chiles secos. En el siglo XVIII, extendió sus actividades a la crianza de ganado de lidia.

En el interior de la hacienda se pueden observar los restos de una de las iglesias más suntuosas de la región, que con el paso del tiempo se ha deteriorado, pero que aún deja ver elementos de la arquitectura decimonónica en su fachada. El atrio y sobre todo el interior aún conservan su estructura original con pintura, balaustras, coro y púlpito. El altar mayor al centro se ve iluminado por la luz que en el cruce de su planta de cruz transmiten las ventanas. El pórtico del atrio es de cantera rosa con enrejado, rematado por una balaustra flanqueada con macetones.

Peñuelas tiene uno de los cascos de hacienda mejor conservados de la región, con evidentes remodelaciones que incorporaron elementos arquitectónicos porfirianos tanto en la estructura como en la decoración donde también se aprecian elementos del art-nouveau. La casa de la hacienda se encuentra adosada al templo y consta de un pequeño patio rectangular con arcadas de cantería. La Capilla de la hacienda y la Casa Grande actualmente presentan un óptimo estado de conservación, no así el grupo de estructuras de apoyo a la hacienda (corrales, trojes, almacenes, etc.) y los dos conjuntos habitacionales para los trabajadores.