En 1558, bajo las órdenes del gobierno civil y de los franciscanos radicados en Tula se determinó construir un convento franciscano con el propósito de evangelizar y pacificar dos tribus indígenas que se encontraban en constante pugna. Esto derivo en la fundación ese mismo año de dos pueblos, Tepeji del Río y San Francisco del Río, mismos que después serían considerados como uno mismo debido a la cercanía entre ellos.

La construcción del templo y el convento franciscano daría inicio en 1560, dicha obra fue dirigida por el padre franciscano Diego Grado Cornejo y se concluyó hasta 1586. El interior de la iglesia está adornado con elementos sobrios clasicistas, propios de ese siglo y contiene algunas obras de pintores reconocidos, como Juan Correa y Francisco Martínez; la construcción presenta un atrio de grandes dimensiones, poco común en las edificaciones religiosas de la ruta.

El antiguo cementerio se encuentra rodeado por muros reforzados y en su interior están tres capillas posas, agradablemente decoradas. La fachada del conjunto arquitectónico es sencilla y sobria, como la mayoría de las construcciones hechas por la orden de los franciscanos en la Nueva España.

El convento y parroquia de Tepeji del Río dejó de pertenecer a los franciscanos en 1768, pasando a manos de los sacerdotes seculares, aunque siguieron perteneciendo a la arquidiócesis de México.

Tras su fundación el pueblo de Tepeji del río representaría un punto importante de pernocta para los viajeros del Camino Real de Tierra Adentro, en el tramo comprendido entre la ciudad de México y San Juan del Río.