La villa de San Juan del Río fue fundada en la primera mitad del siglo XVI, como parte de la jurisdicción de la alcaldía mayor de Querétaro, espacio que cobró importancia tras la apropiación territorial del Bajío por parte de los españoles, convirtiéndose en un enclave muy importante para entrar al norte de la Nueva España.
Centro histórico de la ciudad de San Juan del Río
La principal actividad económica de la región, además de la agricultura y la ganadería de las haciendas aledañas, fueron los mesones, las ventas, la arriería y la elaboración de aperos para los transportes y bestias de carga, por lo que San Juan del Río se convirtió en un punto obligado de aprovisionamiento en el que frecuentemente llegaban a pernoctar los viajeros y comerciantes.
Para todos aquellos que recorrían el camino Real de Tierra Adentro, San Juan del Río representó un punto importante, ya que de esta ciudad se bifurcaban otros caminos: uno de ellos continuaba hacia Zacatecas y otro hacia la zona minera de la Sierra Gorda.
En el siglo XVIII San Juan del Río era un pueblo formado mayoritariamente por indios otomíes y en menor grado, había españoles, mestizos y mulatos. Su tierra fértil y abundante agua, favorecen la producción de trigo, maíz y cebada, así mismo, contaba con inmensos pastizales que lo colocaba como paso obligado en el camino hacia el norte. El trigo y el maíz, base de la alimentación española e indígena, hacían de San Juan del Río una villa comercial de indiscutible importancia. Para finales del siglo XVIII existían en las inmediaciones de San Juan del Río más de un centenar de haciendas de diversas ocupaciones.