Uno de esos puentes fue el de San Rafael, obra que, al igual que otras, contaba con sus respectivas calzadas y empedrados y cuya edificación resultaría prioritaria debido a lo accidentado del sitio y sobre todo por lo estratégico que resultaba el lugar para el tránsito en el Camino Real de la Tierra Adentro y en sus ramales secundarios.

El puente de San Rafael fue una ruta habitual para la población local, los viajeros y los comerciantes que en sus caravanas cargaban variadas mercancías, entre ellas, correos semanarios y comercios de la Tierra Adentro, de los Reales de Minas y de la ciudad de México.

No obstante que la construcción de los puentes y su constante renovación o compostura representaba una inversión cuantiosa de pesos de oro anuales para el Arca Pública de la Villa de San Miguel el Grande, la obra constructiva que se hizo del puente de San Rafael en el siglo XVIII trascendió por ser una de las obras más importantes de la jurisdicción ), y paso indispensable para los comerciantes que transportaban productos de la Real Aduana de México, Veracruz, Acapulco, Puebla, Querétaro, San Juan de los Lagos, San Luis Potosí, Fresnillo, Nombre de Dios, Sombrerete, Zacatecas, Guadalajara, Aguascalientes, Guanajuato, San Miguel el Grande, San Felipe, Dolores, León, Valladolid, entre otros sitios. El tráfico intenso y continuo de gente, mercancías y ganado, explica los 15 metros de amplitud que tiene el puente de San Rafael, uno de los más grandes hasta ahora situados dentro del itinerario del Camino Real de Tierra Adentro.

Durante el siglo XIX, el puente de San Rafael siguió teniendo cierta importancia hasta que, en las primeras décadas del siglo XX, en tiempos de lluvias y con la crecida del río, uno de sus arcos fue derribado por la fuerza de las aguas.