Desde un inicio, las estrategias de pacificación implementadas por la corona española en algunos trayectos del Camino Real incluían la presencia de órdenes religiosas. En el caso de la orden de los Carmelitas Descalzos, éstos llegaron a Nueva España en 1585. Aprovechando las bondades que les ofrecía la zona del Bajío, como la existencia de mantos acuíferos abundantes, así como de bosques ricos en madera, los religiosos Carmelitas establecieron diversos asentamientos que a la larga generarían un importante desarrollo comercial y minero en la región. Estos asentamientos fueron la base de las primeras estancias agrícolas y ganaderas quienes a su vez crecieron en extensión y producción hasta convertirse en haciendas. Entre las haciendas más prósperas del Estado de Querétaro está Chichimequillas, cuyo significado es “tierras rojas”.

En el caso de Chichimequillas, los carmelitas edificaron un mesón de cal y canto que servía para que los viajeros comieran, descansaran y cambiaran de animales para continuar su recorrido. El emplazamiento y la visión de los carmelitas hicieron de Chichimequillas un emporio agrícola y ganadero. En ella se pueden apreciar elementos arquitectónicos del barroco y el neoclásico.

El casco de la hacienda se terminó de construir en 1813. Era un edificio de dos plantas que servía de habitación y área de acción de la orden; alrededor del patio central se agrupaban varias áreas de trabajo; salones de talleres y oficios, propios de la actividad pedagógica de los carmelitas en la región y en la planta alta se encontraban las habitaciones de los religiosos. Adosada al casco se construyó la capilla con su atrio.