La importancia de las estancias y pueblos establecidos en los Llanos de los Chichimecas conllevó a la creación de un ramal del Camino Real por esos lugares, mismo que se bifurcaba con dirección a Guadalajara y Zacatecas. En este último ramal se establecieron poblaciones importantes cada 50 o 60 kilómetros. Por tal motivo la Real Audiencia de la Nueva Galicia ordenó fundar una villa de españoles en los Llanos Chichimecas, la cual sería denominada Villa de Santa María de los Lagos fue fundada el 31 de marzo de 1563 y tuvo una función eminentemente defensiva.

Las características geográficas de la región proveían excelentes recursos alimenticios y medios para el desarrollo de una ganadería y agricultura prospera, lo que la convirtió en abastecedora de los principales centros mineros como Guanajuato, San Luis Potosí, Comanja y Zacatecas, lo que dotó a la villa de Lagos de mayor reconocimiento y por lo cual, en 1615, pasó de villa a Alcaldía Mayor, hecho que propició la llegada de hombres letrados, jueces y demás familias que dieron forma a la arquitectura de la villa.

En 1685 se fundó el Convento de Nuestra Señora de la Merced y el Colegio de San Lorenzo, y sólo cinco años después se inicia la construcción del templo parroquial. En 1756 se fundó el convento de las capuchinas pobres del señor San José, en la última década del siglo XVIII se inició la construcción del nuevo templo parroquial de Nuestra Señora de la Asunción. El Templo de Nuestra Señora del Rosario, la Casa Consistorial, y los principales mesones que servían de hospedería como el Mesón de la Merced, de Jesús María y de la Soledad, fueron también producto de esa actividad constructiva dieciochesca.

Si bien los recursos hídricos de la región eran favorables para la agricultura y la pesca, en temporada de lluvias esto se convertía en un problema para los viajeros que transitaban por el Camino Real de Tierra Adentro, ya que la creciente, principalmente del río Lagos, así como la falta de puentes, los obligaban a esperar varios días para cruzarlo. Dicha situación, hizo necesaria la construcción de un puente adecuado y lo suficientemente fuerte para hacer frente a los embates climáticos. Fue hasta 1860 cuando se construyó un puente para poner fin a este inconveniente, aunque la obra fue terminada propiamente en 1870 con la construcción de los antepechos y el empedrado.

Ante la falta de mantenimiento de los caminos en aquella época, la llegada del ferrocarril en 1883, el comunicó a lagos de Morenos con la ciudad de México, el Paso Texas y todos los estados que la integraban, lo que se visualizó como una esperanza de apertura de mercados.