Espacio dedicado a conservar y mostrar el patrimonio arqueológico de la antigua ciudad maya de Ichkaantijoo, actualmente conocida como Dzibilchaltún, en Yucatán. Su colección reúne más de 300 piezas arqueológicas, entre objetos de cerámica, piedra, elementos relacionados con la escritura, la religión y la vida cotidiana. Estas piezas permiten conocer aspectos de la cultura, organización social y conocimientos de los antiguos habitantes.

En Tula trabajó el arqueólogo Jorge R. Acosta (1904-1975), descubridor de los Atlantes y otros testimonios. El museo recrea la antigua Tollan Xicocotitlan: la escultura y cerámica, las estelas, ofrendas y dioses (Quetzalcóatl, Tezcatlipoca), y la numerosa población, heredera de Teotihuacán.

Teteles de Santo Nombre es la ciudad prehispánica más grande de la región de Tehuacán-Zucatlán. El museo de sitio muestra parte de la historia de uno de los asentamientos urbanos más importantes del periodo Clásico en la región del centro de México.

Los mayas antiguos erigían esplendorosas ciudades y vivían en estrecha relación con el medio natural. Las exposiciones temporales que se presentan en esta sala permiten conocer su religión, escritura, la fina escultura y arquitectura de estilo Puuc, así como sus diversas técnicas para almacenar y conservar el agua de lluvia: cisternas, aguadas, oquedades, ductos, desagües.

Un museo ecológico, pionero en México, que a través de sus salas narra la historia, medio ambiente, cosmovisión, tecnología, aportes y desarrollo de la ciudad indígena de Xochicalco.

Primera ciudad de los chichimecas en el Valle de México, antes de asentarse en Texcoco, con una impresionante pirámide de dos templos en la cima (para Tláloc y Huitzilopochtli), inspiración del Gran Teocalli tenochca. Su museo reconstruye la urbe y narra su historia desde el siglo XII.

El Museo en General Cepeda, Coahuila, exhibe fósiles, réplicas e información sobre los dinosaurios que habitaron la región hace aproximadamente 72 millones de años. Además, ofrece un recorrido por la zona paleontológica, donde los visitantes pueden conocer áreas de excavación y la importancia de este importante yacimiento fósil de México.

En 1947 se descubrieron los huesos del Hombre de Tepexpan, en su momento los más antiguos de Mesoamérica (7000 años). El sitio abunda en vestigios de la época: huesos de animales prehistóricos y herramientas de piedra que se muestran en el museo, junto con una colección de cráneos muy antiguos.

En el mercado de artesanías de la isla de Cuale, este museo exhibe una variada colección (cedida por los museos regionales de Guadalajara, Colima y Michoacán) sobre tradiciones de grupos que habitaron el Occidente de México, tales como la zona Chupícuaro, la cultura de los tarascos, entre otras, hasta el momento de la conquista española.

Fue un importante centro de acopio y distribución de bienes antes y después de la Conquista. Con la construcción del convento dominico (terminada hacia 1575) conservó ese carácter y además se convirtió en fuerte centro evangelizador. Resguarda una maravillosa colección de objetos virreinales religiosos y civiles.

"Las armas nacionales se han cubierto de gloria", inscribió en su parte de guerra el general Zaragoza, comandante de los destacamentos de campo raso y de los Fuertes de Loreto y Guadalupe. Este último inmueble da cuenta de su propia historia, así como de la Batalla del Cinco de Mayo y del triunfo de la República.

El Gran Teocalli que deslumbró a los conquistadores, teatro de la fastuosidad de los tlatoanis y de la religiosidad de su pueblo, centro cósmico del poderío mexica. Sus vestigios y los valiosos monumentos que se han encontrado en ellos conforman un museo fuera de serie.