El Cerrito fue construido sobre un afloramiento de roca en la zona sur del valle de Querétaro. Rodeado por tierras fértiles, un río y una ciénaga, cumple con los requisitos del paisaje cultural de la Tollan original, lugar de origen de los pueblos tolteca chichimecas. En ese lugar primigenio los hombres tenían todos los abastecimientos para su existencia y convivían con sus dioses principales. Cuando ellos decidían que pueblos debían venir a la tierra a poblarla, les asignaban un dios patrono y una lengua en particular. Esta idea fue pintada en el códice Cuauhtinchan 2, en donde se observa a Chicomoztoc, el cerro de las siete cuevas, de donde nacen los siete pueblos tolteca chichimecas que nacen para poblar la tierra y son guiados por su diosa patrona Itzpapálotl.  En la sala podrás disfruta de la única estela en piedra de Mesoamérica con la representación de la diosa Itzpapálotl, la cual fue encontrada en El Cerrito. De igual forma, se puede observar una línea del tiempo con los principales sitios toltecas de Mesoamérica: Tula Chichén Itzá, Tututepec y El Cerrito.

Hacia el año 900 d.C. los toltecas fundaron una Tollan terrenal en el norte de Mesoamérica. La arquitectura ahí construida, es el estado más avanzado en dimensiones, forma, ornamentación y tipos de edificios de su época. Entre estos destacan patios hundidos, muros de talud y tablero ornamentados con esculturas, altares con ofrendas de cráneos y salas con columnas. Entre estas edificaciones sobresale una pirámide monumental formada por trece cuerpos, única en Mesoamérica. La pirámide representa uno de los tres segmentos que forman el cosmos de acuerdo a los toltecas. Para su construcción se elegía un lugar donde existiera un manantial o una cueva, los cuales se convertían en el punto por donde pasaba el eje cósmico, el cual unía el piso cósmico del cielo, con el piso terrenal y el inframundo o lugar de los muertos. En la sala 2 el visitante puede disfrutar de gráficos diseñados para ejemplificar la idea anterior. Así como una muestra de escultura con glifos calendáricos y un clavo arquitectónico con cabeza de serpiente. La sala termina con una maqueta en donde se reconstruye la forma original del centro ceremonial teniendo como referente la pirámide, misma que se puede observar a través del único ventanal del museo.

En un centro ceremonial las ofrendas son abundantes. Algunas de ellas son constructivas, esto es, diversos objetos elegidos como un don a los dioses o fuerzas de la naturaleza fueron depositados en el interior de los altares durante su construcción. El tipo de ofrenda y la dedicación del templo son singulares en todos los casos. En el interior de un pequeño altar fue descubierta por arqueólogos una ofrenda dedicad a la diosa Itzpapálotl, formada por sahumadores de mano, en cuyo interior fueron quemadas puntas de sílex blanco, cuentas con forma de cráneos, cuentas de concha y tubillos de obsidiana. Todos estos objetos comparten el espacio con esculturas de gran formato, como son los coronamientos. Estas esculturas, talladas en rocas blandas, decoraban la parte superior de las fachadas de las salas con columnas. Los de tipo dardos cruzados, a la sala ubicada al pie de la pirámide, dedicada a una deidad omnipresente como Quetzalcóatl. La de tipo dardo solar, ornamentaba la fachada de la sala ubicada al sur de la plaza de las esculturas, dedicada a una deidad solar.

Las plazas y altares tuvieron un uso cotidiano en donde se sacralizaban los espacios y depositaban ofrendas, muchas de estas quemadas dentro de grandes braseros. La pieza central de esta sala corresponde a un brasero con forma de reloj de arena, en cuyo interior fueron quemados diversos objetos como punzones de hueso, puntas de proyectil, malacates de barro, así como objetos de uso personal como dijes de concha y un anillo del mismo material. Otros objetos, que no fueron quemados, proceden de lugares distantes a El Cerrito, tales como conchas de abulón y de spondylus, malacates de barro decorados con chapopote, vasijas con acabado plomizo, figurillas de barro y hasta un cascabel de cobre. La diversidad de procedencias supone un intenso intercambio de mercancías de sur a norte y de oriente a poniente, abasteciendo a todos los sitios toltecas. El visitante puede observar en los planos elaborados para tal fin, la distribución de mercancías, pero también la circulación de símbolos y representaciones toltecas como las de Chac Mool e Itzpapálotl en Mesoamérica.