Importante complejo religioso y misionero en Baja California, es uno de los dieciocho establecidos por la Provincia Mexicana de la Compañía de Jesús, para enseñar, evangelizar y proteger de los pecados a las etnias de la región. Esto duró hasta que todos los jesuitas fueron expulsados ​​del imperio español en 1767 por orden de Carlos III. Su colección se centra en los misioneros y sus alumnos.

Los monumentos de Teotihuacan alguna vez estuvieron decorados con coloridos murales. Muestras de estos se encuentran en este museo, junto con una explicación de las técnicas utilizadas y otros objetos relacionados. También hay una explicación provisional del guión.

En el ex Convento de la Santa Cruz de Santiago Tlatelolco, construido con piedras del antiguo teocalli, se encuentra una Caja de Agua con fragmentos de la pintura mural más antigua de Nueva España, donde se adivina un retrato de la vida cotidiana de los conquistados. Además, se muestran vestigios de la ciudad prehispánica.

Se encuentra alojado en un antiguo cuartel federal construido por Abelardo L. Rodríguez en la segunda década del siglo XX y restaurado y acondicionado como museo en 2004. Su muestra cuenta con piezas pertenecientes a pueblos nativos como los Kumiai, Pai pai y Cucapá, explica su cultura, leyendas y tradiciones También cuenta con una colección fotográfica que narra la historia del inmueble.

Casa en la que vivió don Benito Juárez cuando llegó de Guelatao, bajo la protección de Antonio Salanueva, y en la que aprendió a desempeñarse como sirviente, encuadernador, abogado y gobernador. El museo reúne documentos y objetos personales del Benemérito y narra la Guerra de Reforma, la Intervención Francesa y el triunfo de la República.

Una rara pirámide que todavía tiene una gran escalera completa y un templo en la parte superior. El museo cuenta la historia de una importante ciudad huasteca que fue influenciada por los toltecas y mexicas. Posee una atractiva colección de esculturas del dios de la lluvia Tlaloc y del dios del maíz Xipe Totec.

Mejor ejemplo de la Cultura Chalchihuite. Posiblemente fundado por sacerdotes emigrados de Teotihuacan a los llanos de Zacatecas, el museo alberga una rica colección de instrumentos, joyas, figuras y ofrendas finamente elaborados, incluido el símbolo del águila y la serpiente.

Una soberbia muestra de los murales de Cacaxtla incluyendo la escena de la batalla y el Hombre Jaguar, con información sobre cómo fueron pintados, así como hallazgos arqueológicos que cuentan la impresionante historia de los Señores de Cacaxtla y su pueblo guerrero, herederos de Teotihuacan y Cholula, y sus dioses como Tlaloc.

Un nuevo museo que muestra uno de los asentamientos urbanos más antiguos: el más extenso y poblado de Mesoamérica y un gran exportador de obsidiana. Tiene numerosas calles, plazas y murallas intrincadas, muchos juegos de pelota y una religión que exalta el autosacrificio.

En la ciudad del “Cacique Gordo”, aliado de los españoles contra los mexicas, este pequeño museo, rodeado por una riquísima flora y fauna costera, presenta los vestigios de la cultura totonaca, entre ellos: restos de las murallas, los dioses del inframundo, pintura mural, figurillas y estatuas de hombres y animales, y utensilios cotidianos.

Muestra el desarrollo de la zona desde que se halló al “Hombre de Chimalhuacán”, de diez milenios de antigüedad, hasta que se convirtió en tributario de Texcoco, miembro de la Triple Alianza junto con Tlacopan y Tenochtitlan.

Inicialmente enemiga de los conquistadores españoles, que perpetraron allí una matanza, Cholula se alió con ellos para conquistar Tenochtitlan. El museo muestra el desarrollo de sus habitantes desde el siglo IX, con temas como las exploraciones, la cerámica, las costumbres funerarias, la pintura mural.