Los grupos cochimíes locales negaron a los misioneros jesuitas tener conocimiento acerca de sus orígenes y lo atribuyeron al trabajo de una antigua raza de gigantes, ya desaparecida, provenientes del norte.

El Santuario de Ballenas de El Vizcaíno, el área natural protegida más grande de México, comprende las áreas de reproducción más importantes de la subpoblación oriental de la ballena gris (Eschrichtius robustus) del Pacífico Norte.

Se extiende desde el Delta del Río Colorado en el norte hasta 270 kilómetros al sureste de la punta sur de la península de Baja California, el Bien incluye 244 islas, islotes, zonas litorales y marinas, dentro de 12 áreas naturales protegidas.

Uno de los sitios de arte rupestre más antiguos y ricos del mundo. Con un origen que se remonta 8,800 años, los murales prehistóricos de este conjunto de cañadas, barrancas y cuevas sorprenden por su calidad, conservación y monumentalidad. Desde 1993 es Patrimonio Cultural de la Humanidad.

Importante complejo religioso y misionero en Baja California, es uno de los dieciocho establecidos por la Provincia Mexicana de la Compañía de Jesús, para enseñar, evangelizar y proteger de los pecados a las etnias de la región. Esto duró hasta que todos los jesuitas fueron expulsados ​​del imperio español en 1767 por orden de Carlos III. Su colección se centra en los misioneros y sus alumnos.

En esta ciudad —ejemplo de estupenda estructura urbana en el país— se conjuntan inmuebles originales, gracias a la fusión de elementos nacionales y europeos que dotan a los edificios de características constructivas únicas.

Un moderno edificio resguarda expresiones muy antiguas, de hace miles de años, de vida humana en el estado. El museo reseña la geología de la península, sus fósiles, su naturaleza única, la vida de los primeros pobladores y sus pinturas rupestres, las misiones jesuitas, la etnografía.