Se inauguró en marzo de 1981 en el centro histórico de La Paz, con el propósito de conservar y exhibir el patrimonio cultural sudcaliforniano. Ocupa un edificio construido en el siglo XX por el arquitecto José Figueroa Vázquez, y resguarda una extraordinaria colección que contempla desde el pasado remoto de Baja California Sur hasta su conformación como estado libre y soberano.

Los objetos, hallazgos, explicaciones y obras de arte que el recinto exhibe y difunde corresponden a valores universales, como las pinturas rupestres de la Sierra de San Francisco, patrimonio cultural de la humanidad. Es también un espacio donde se refleja el pensamiento de un pueblo que se forjó en una península desértica, lejana de los centros principales de población en México y dotada de un cariz cultural peculiar, que se mantiene. La cuidadosa curaduría y los montajes museográficos reflejan, en sus salas permanentes, esa singularidad, y otro tanto hacen las valiosas e interesantes colecciones paleontológica, arqueológica, etnográfica e histórica.