Las salas de este inmueble han tenido diferentes funciones a lo largo del tiempo, y de ello son testigos los vestigios que muestran las ventanas arqueológicas. Ésta muestra un drenaje y muros virreinales.

En la cuarta ventana también se exhiben restos de un muro que perteneció a las Casas Nuevas de Moctezuma y evidencias de un drenaje virreinal.

La quinta ventana muestra restos de un patio prehispánico y cimientos de mampostería, vestigios de la primera y segunda Casa de Moneda.

Moctezuma poseía una Casa Denegrida, espacio que usaba para meditar y reflexionar sobre las decisiones de su mandato y las indicaciones de sus agoreros. Vestigios de esta casa pueden verse desde la sexta ventana del MNCM.

Esta ventana expone restos del piso de cemento artificial colocado en 1887, donde se expusieron grandes esculturas del México Antiguo. Contiene información de la utilización de una "Prensa de volante" y de la excavación realizada en la esquina del antiguo Salón de los Volantes de casa de...

Debajo del actual Museo de la Medicina y antiguo Palacio de la Inquisición se encuentran vestigios de la época virreinal compuestos por muros, pisos y piezas cerámicas.

Esta ventana ubicada en un jardín abierto, muestra vestigios de una escalinata perteneciente a la casa del tlatoani Moctezuma Xocoyotzin.

A un costado del patio mariano, la segunda ventana se encuentra dentro del Fondo Histórico Francisco I. Madero. En ella se puede ver una escalinata con alfajarda que comunicaba una plaza con un templo mexica.

En el Patio de Maniobras del Palacio Nacional se puede ver una basa cruciforme, arranque de escalinata, piso de estuco y drenajes que probablemente hayan sido del palacio de Moctezuma II.

Los resultados de las investigaciones proponen que estas ventanas arqueológicas muestran vestigios de la casa de Hernán Cortés.

Vestigios de la casa de Hernán Cortés, que después se usó como Palacio de los Virreyes, se muestran en las últimas dos ventanas arqueológicas del Palacio Nacional.

Debajo del Sagrario de la Catedral Metropolitana, bajando por una escalera metálica ubicada en el costado norte del inmueble, se encuentran dos ventanas que muestran tres tramos de vestigios arquitectónicos correspondientes al costado norte del Templo del Sol o Tonatihu.