En este museo se encuentran los restos de un patio mexica, del Telpochcalli, dos muros virreinales y una escalinata fechada a inicios del siglo XIX.

Maquetas y estructuras sagradas como un árbol y un Cuauhxicalco están ahora abiertos a la visita pública gracias a recientes hallazgos y al continuo trabajo del Proyecto de Arqueología Urbana (PAU).

Esta sala presenta una ventana al INAH para los visitantes nacionales e internacionales.

En el interior de esta sala se siente el flujo y la vibración de las arterias de la Ciudad de México.

El pasado prehispánico, virreinal del Centro Histórico de la Ciudad de México se ha conservado bajo los inmuebles actuales; la segunda ventana del MNCM muestra pisos, muros, cimientos que se han conservado desde el Palacio de Moctezuma Xocoyotzin.

Moctezuma poseía una Casa Denegrida, espacio que usaba para meditar y reflexionar sobre las decisiones de su mandato y las indicaciones de sus agoreros. Vestigios de esta casa pueden verse desde la sexta ventana del MNCM.

La quinta ventana muestra restos de un patio prehispánico y cimientos de mampostería, vestigios de la primera y segunda Casa de Moneda.

Esta ventana expone restos del piso de cemento artificial colocado en 1887, donde se expusieron grandes esculturas del México Antiguo. Contiene información de la utilización de una "Prensa de volante" y de la excavación realizada en la esquina del antiguo Salón de los Volantes de casa de Moneda.

Vestigios de la casa de Hernán Cortés, que después se usó como Palacio de los Virreyes, se muestran en las últimas dos ventanas arqueológicas del Palacio Nacional.

A un costado del patio mariano, la segunda ventana se encuentra dentro del Fondo Histórico Francisco I. Madero. En ella se puede ver una escalinata con alfajarda que comunicaba una plaza con un templo mexica.