Alojado en el Ex Convento de San Juan Evangelista, convento agustino del siglo XVI de estilo renacentista, con excelentes frescos. Exhibe una colección de piezas prehispánicas y virreinales, religiosas y de la vida diaria, así como restos del primer molino de papel de Latinoamérica.

La antigua Casa de los Virreyes —en la que se recibió a Bucareli—, a donde se llevó a fusilar a don José María Morelos en 1815, exhibe una nutrida colección referida al prócer. Los pisos superiores se destinan a exposiciones temporales. Muestra también una notable osamenta de mamut.

Convento dominico fundado en un momento temprano de la conquista, donde los indígenas moldearon el mejor barroco. Espléndida muestra sobre la presencia europea, la resistencia indígena y la evangelización, en la que destacan los textiles mayas en los códices y la fundación de San Cristóbal de Las Casas.

Monumental ex Convento fundado por la orden de Santo Domingo y en cuya construcción intervinieron los indígenas tepoztecos. Conserva valiosas pinturas murales. Patrimonio de la Humanidad desde 1994, como parte de los primeros monasterios del siglo XVI en las faldas del Popocatépetl.