Forma parte de uno de los íconos de la ciudad de San Cristóbal de Las Casas: el ex Convento de Santo Domingo de Guzmán, del siglo XVI, cuya imponente portada se catalogó como uno de los mejores ejemplos del barroco latinoamericano. El Museo de los Altos de Chiapas comenzó sus actividades en 1984 y se consolidó cuatro años después con el apoyo del historiador Jan de Vos y su esposa Emma Cosío Villegas, quienes crearon entonces la primera sala, encaminada a recuperar la memoria histórica local.

En 2012, con la participación conjunta del Instituto Nacional de Antropología e Historia, el Gobierno del Estado de Chiapas, Fomento Cultural y Fomento Social Banamex, el recinto se restauró y reinauguró. En la planta baja se ubican dos extensas salas permanentes (Arqueología e Historia), junto con otros espacios de menores dimensiones, un patio central dominico y una capilla. En la planta alta destaca la sala destinada a la exhibición de textiles. La museografía responde a los seis grandes temas que aborda este recinto: 1. La geografía maya de la región en el momento de la irrupción española. 2. La Conquista, la fundación de la Villa Real, el régimen virreinal y la resistencia indígena. 3. La evangelización a cargo de la orden dominica y el paganismo indígena. 4. Los discursos pictográficos basados en los códices París, Madrid, Dresde y Golier sobre los atavíos textiles prehispánicos, junto con un breve recorrido por las manufacturas durante el Virreinato. 5. Los elementos fundacionales de la ciudad, la arquitectura y la composición urbana, y 6. La historia conventual.