Fundado en la década de 1950 por artistas de la ciudad, entre ellos Juan José Arreola, el museo exhibe piezas de las culturas prehispánicas de Occidente (coras, huicholes, nahuas costeños, purépechas), más piezas virreinales y una colección de bocetos del pintor José Clemente Orozco.

El quinto convento agustino de Michoacán, erigido en 1550 con toda la apariencia de una fortaleza, para evangelizar a los tarascos y formar a sus pastores. Grandes maestros y alumnos salieron del soberbio edificio. Restaurado a conciencia, es sede de exposiciones sobre el arte de imprimir.

Edificio construido primero por los frailes franciscanos y fue concluido alrededor de 1540 por los frailes agustinos. El conjunto conventual se edificó con restos de un centro ceremonial prehispánico del que aún se pueden apreciar ciertos vestigios.

Convento franciscano construido entre 1544 y 1570, entre plateresco y mudéjar, con uno de los pocos retablos del siglo XVI que quedan en México, obra de Simón Pereyns. La cristianización del centro del virreinato, ilustrada en muy variados objetos.

La sede del Colegio de San Nicolás Obispo en 1540, obra de Vasco de Quiroga, muestra las asombrosas artesanías michoacanas: alfarería, cobre, piedra, madera, maque (laca) de Uruapan, lacas de Quiroga, perfilado de oro de Pátzcuaro, telar de cintura, telar de pedal, bordado, laudería y más.

Se encuentra alojado en un antiguo cuartel federal construido por Abelardo L. Rodríguez en la segunda década del siglo XX y restaurado y acondicionado como museo en 2004. Su muestra cuenta con piezas pertenecientes a pueblos nativos como los Kumiai, Pai pai y Cucapá, explica su cultura, leyendas y tradiciones También cuenta con una colección fotográfica que narra la historia del inmueble.

Gran construcción agustina iniciada en 1539 en las inmediaciones de Teotihuacán, con elementos platerescos y góticos, valiosos murales muy tempranos y claustros imponentes. Su acervo incluye objetos prehispánicos, así como pinturas y esculturas sagradas virreinales.

Importante convento agustino que conserva valiosos murales y ejemplos de arte religioso del siglo XVI al XIX. Una sala etnográfica ilustra la vida cotidiana y artesanías de los otomíes del Valle del Mezquital.

En 1528 se fundó el convento de San Francisco de Asis, donde trabajó fray Bernardino de Sahagún, el máximo estudioso del mundo nahua. El museo contiene una muestra sobre su vida, otra más sobre el desarrollo prehispánico desde lo más antiguo, y una colección del arte religioso de Nueva España.

Fue un importante centro de acopio y distribución de bienes antes y después de la Conquista. Con la construcción del convento dominico (terminada hacia 1575) conservó ese carácter y además se convirtió en fuerte centro evangelizador. Resguarda una maravillosa colección de objetos virreinales religiosos y civiles.