Inicialmente enemiga de los conquistadores españoles, que perpetraron allí una matanza, Cholula se alió con ellos para conquistar Tenochtitlan. El museo muestra el desarrollo de sus habitantes desde el siglo IX, con temas como las exploraciones, la cerámica, las costumbres funerarias, la pintura mural.

Muestra el desarrollo de la zona desde que se halló al “Hombre de Chimalhuacán”, de diez milenios de antigüedad, hasta que se convirtió en tributario de Texcoco, miembro de la Triple Alianza junto con Tlacopan y Tenochtitlan.

Una casa de la época de Porfirio Díaz y hogar familiar de Venustiano Carranza durante los últimos seis meses de su vida. Posteriormente se utilizó como cuartel militar, sede de la “asociación de constitucionalistas” y biblioteca. Alberga una variada exposición de objetos de la vida política y privada del “Primer Jefe” de las Fuerzas Constitucionalistas de México.

El museo presenta la historia del sitio arqueológico tomando como eje central la cosmogonía tolteca. La zona arqueológica de El Cerrito es el centro ceremonial más norteño de Mesoamérica y en su museo de sitio se exhiben piezas recuperadas durante los trabajos de exploración en el lugar. Es el museo de la más importante zona arqueológica del estado de Querétaro con una extensión de 350 metros cuadrados.

Teteles de Santo Nombre es la ciudad prehispánica más grande de la región de Tehuacán-Zucatlán. El museo de sitio muestra parte de la historia de uno de los asentamientos urbanos más importantes del periodo Clásico en la región del centro de México.

La historia del inmueble, y sus características arquitectónicas, ilustran por sí mismas el papel que tuvieron los conjuntos conventuales en la conquista espiritual del territorio de la Gran Chichimeca, y los procesos de aculturación de la región de Yuriria. Igualmente, el recorrer sus espacios nos inspira a recrear la vida conventual del siglo XVI.

En el ex Convento de la Santa Cruz de Santiago Tlatelolco, construido con piedras del antiguo teocalli, se encuentra una Caja de Agua con fragmentos de la pintura mural más antigua de Nueva España, donde se adivina un retrato de la vida cotidiana de los conquistados. Además, se muestran vestigios de la ciudad prehispánica.