Moctezuma poseía una Casa Denegrida, espacio que usaba para meditar y reflexionar sobre las decisiones de su mandato y las indicaciones de sus agoreros. Vestigios de esta casa pueden verse desde la sexta ventana del MNCM.

La quinta ventana muestra restos de un patio prehispánico y cimientos de mampostería, vestigios de la primera y segunda Casa de Moneda.

Esta ventana expone restos del piso de cemento artificial colocado en 1887, donde se expusieron grandes esculturas del México Antiguo. Contiene información de la utilización de una "Prensa de volante" y de la excavación realizada en la esquina del antiguo Salón de los Volantes de casa de Moneda.

Vestigios de la casa de Hernán Cortés, que después se usó como Palacio de los Virreyes, se muestran en las últimas dos ventanas arqueológicas del Palacio Nacional.

A un costado del patio mariano, la segunda ventana se encuentra dentro del Fondo Histórico Francisco I. Madero. En ella se puede ver una escalinata con alfajarda que comunicaba una plaza con un templo mexica.

Esta ventana, no abierta al público, presenta el primer cuerpo arquitectónico del Templo de Tezcatlipoca con una escultura antropomorfa empotrada en el muro.

Las últimas dos ventanas del Antiguo Palacio del Arzobispado muestran unas columnas que pudieran ser parte de la residencia de fray Juan de Zumárraga.

Como continuación de la ventana anterior, ésta muestra otra parte de la escalinata del Templo de Tezcatlipoca, acompañada por un brasero.

La escalinata del templo del dios Tezcatlipoca continúa en la segunda ventana del Antiguo Palacio del Arzobispado, donde también se exhiben piezas prehispánicas.

Al interior de inmueble cuya fachada muestra una expresión del barroco mexicano, se encuentran dos ventanas que permiten ver el correr del tiempo y el proceso histórico de sus ocupaciones. La primera expone restos, tanto de la época virreinal, como mexica.