Espacio diseñado en 1976 para rendir homenaje permanente a los héroes de la independencia: Hidalgo, Morelos, Jiménez, Allende, Aldama y Guerrero. Una lámpara votiva ubicada al centro del recinto cívico guarda permanentemente la llama independentista, fuego que se renueva cada día 28.

Muestra de las diferentes expresiones artísticas de los artesanos de la entidad: textiles, cerámica, objetos tradicionalmente usados en la charrería, cantería, juguetes tradicionales y cerería, entre otros.

En este espacio tienen su lugar los vestigios y testimonios del pasado virreinal de México. Aquí se pueden encontrar los primeros mapas que hacen mención de Guanajuato, así como los objetos que fueron utilizados en la Iglesia, Ejército y minería novohispanos.

Espacio dedicado a resaltar la etapa histórica durante la cual la Ordenanza de Intendencias dio una estructura más funcional al gobierno novohispano. De esta manera, las actividades productivas como el comercio, la industria, la minería y la ganadería fueron impulsadas por las reformas borbónicas.

Esta sala también alberga una réplica del nombramiento de ciudad que recibió la villa de Guanajuato en el año de 1741.

En esta sala pueden encontrarse documentos relativos al proyecto de construcción de la Alhóndiga, tales como los planos del edificio y bocetos artísticos del inmueble. Resalta el objetivo primordial de este almacén, que fue el mantenimiento en buen estado de una considerable cantidad de semillas y granos para el abasto alimentario de la población.

En esta sala se encuentra una réplica del Estandarte de Hidalgo con el cual lideró las huestes independentistas del primer ejército libertario de México, y también la escena de la toma de la Alhóndiga.

También se pueden apreciar armas, retratos y mapas donde se describe la Ruta de Independencia, así como documentos originales redactados por Félix María Calleja.

Esta sala incluye retratos, monedas, objetos y banderas, de la historia de México durante el siglo XIX.

Esta sala es una muestra que combina el arte popular del siglo XIX y XX con la religiosidad y la fe profesada por la sociedad de Guanajuato.

Dedicada a exhibir parte de la obra del fotógrafo Romualdo García, entre ellas se muestra una selección de los fondos más representativos puesto que han sido consideradas como una especie de catálogo de clases y tipos sociales del Guanajuato de los años 1887 a 1914.

También  cuenta con objetos de uso cotidiano y armas de principios del siglo XX.

Dedicado a la obra del extraordinario pintor guanajuatense, nacido en Purísima del Rincón el 13 de abril de 1832. Poco se sabe de su formación pictórica, sin embargo, su obra constituye una de las grandes aportaciones a la pintura mexicana del siglo XIX.

Uno de los acervos más completos que existen en nuestro país. Estos curiosos objetos, llamados occidentalmente sellos, elaborados principalmente de barro y piedra, representan plantas, flores, animales, formas humanas, seres míticos y una gran variedad de formas geométricas. Existe la hipótesis de que fueron elementos ornamentales y decorativos, que tenían un fin ceremonial y religioso, o que fueron usados como emblemas.

Alberga una colección compuesta por piezas arqueológicas de diversas culturas, reunida a lo largo de 25 años por el pintor José Chávez Morado y la pintora Olga Costa. En la exposición se pueden admirar bellas representaciones de diversos dioses prehispánicos como Quetzalcóatl, Tláloc, Huehuetéotl, Cocijo, Chicomecóatl, Xochipilli y Xipe Tótec, entre otros.