Rinde homenaje a los héroes de la Independencia y, a través de su acervo, recorre diferentes etapas históricas del estado de Guanajuato. Inaugurado en junio de 1958, el Museo Regional de Guanajuato ocupa un inmueble emblemático del inicio de la lucha de la Independencia de México: la Alhóndiga de Granaditas, pues ahí se libró una importante batalla el 28 de septiembre de 1810. La construcción de esta imponente obra de arquitectura neoclásica, que se inició en 1797 y concluyó en 1809, refleja la bonanza guanajuatense de finales del siglo XVIII. El primer proyecto para esta obra lo hizo el maestro arquitecto José Alejandro Durán y Villaseñor en 1796, el cual fue rectificado por José del Mazo y Avilés, director de Arquitectura de la Academia de San Carlos, a quien correspondió realizar los planos finales y dirigir la construcción. Con el paso del tiempo la edificación tuvo diferentes usos: granero, penitenciaría, cárcel, escuela y juzgado, hasta convertirse finalmente en museo.

Cuenta con el Recinto de los Héroes, espacio diseñado especialmente en 1967 para rendir homenaje permanente a Miguel Hidalgo, José María Morelos y Pavón, Mariano Jiménez, Ignacio Allende, Juan Aldama y Vicente Guerrero.

Entre los acervos que el museo alberga sobresale una colección muy completa de sellos prehispánicos, elaborados principalmente con barro y piedra, que representan plantas, flores, animales, formas humanas, seres míticos y gran variedad de formas geométricas. También exhibe piezas arqueológicas de diversas culturas, reunidas a lo largo de 25 años por los pintores José Chávez Morado y Olga Costa, así como cerámica de Chupícuaro, propia de la región, y expresiones artísticas de los artesanos del estado: textiles, cerámica, herrería, hojalatería, alfarería, confitería, cantería, juguetes tradicionales, cerería y objetos tradicionales de charrería, entre otros.

Los acontecimientos nacionales y regionales que marcaron la historia de México, desde los antecedentes de la lucha de Independencia hasta la instauración de la República en 1823, están representados con documentos, gráficos y planos. Sobresale la obra de tres artistas guanajuatenses presentes en este museo: Romualdo García, el fotógrafo más representativo del estado, cuyo trabajo está considerado como un catálogo de las clases sociales de Guanajuato entre 1887 y 1914; la extraordinaria pintura de Hermenegildo Bustos, y los excelentes murales de José Chávez Morado.