Su estratégica posición geográfica en la ruta de la plata y de la Sierra Gorda, ubicaron a San Juan del Río en el Camino Real de Tierra Adentro. La ciudad ha visto pasar, tanto a grandes personajes, como acontecimientos fundamentales: a Guillermo Prieto, Maximiliano de Habsburgo y Benito Juárez, lo mismo que a las tropas revolucionarias y el proceso de industrialización del país.

Ciudad virreinal caracterizada por la arquitectura barroca de sus templos, conventos y casonas, así como por sus fuentes y su imponente acueducto. La traza de sus calles refleja sus orígenes como pueblo indígena y su transformación en una de las ciudades más ricas e importantes del virreinato de la Nueva España.

En 1529 un grupo de familias pertenecientes a una población otomí de nombre Nopala que habitaba en la provincia de Jilotepec, salió con destino a la zona de La Cañada, en el actual estado de Querétaro, la cual era habitada por grupos chichimecas con los cuales el nativo que encabezaba el grupo, de nombre Conín, mantenía una amistad y un intercambio de pieles de animales que los pobladores le entregaban en trueque por sal y granos.

Durante el siglo XVI la corona española intentó poblar el territorio de la antigua encomienda de Jilotepec, el cual se ubicaba en la frontera chichimeca, con ello buscaba proteger el camino proveniente de la ciudad de México al septentrión novohispano.

La hacienda de Chichimequillas se localiza en el municipio El Marqués, Querétaro. Fue construida hacia el año 1690, por los monjes carmelitas que se establecieron en la zona, para asentar y asistir a los indígenas chichimecas jonaces y pames, y a la vez ofrecer albergue a los viajeros que recorrían el Camino Real de Tierra Adentro hacia y desde las zonas mineras de Guanajuato y Zacatecas.

La villa de San Juan del Río fue fundada en la primera mitad del siglo XVI, como parte de la jurisdicción de la alcaldía mayor de Querétaro, espacio que cobró importancia tras la apropiación territorial del Bajío por parte de los españoles, convirtiéndose en un enclave muy importante para entrar al norte de la Nueva España.

Fue un importante centro ceremonial que recibió la influencia de diversas culturas, especialmente de los toltecas. Fuentes franciscanas señalan que hacia 1632 los indígenas continuaban ofrendando a las deidades prehispánicas en los altares del sitio.