Santiago de Querétaro fue fundada en 1531 por Fernando de Tapia, chichimeca convertido al catolicismo por el encomendero Hernán Pérez de Bocanegra. Su nombre deriva del purépecha “lugar de las piedras grandes” y el apóstol Santiago. La tradición relata que los españoles derrotaron a los chichimecas una vez que éstos se rindieron cuando lograron ver en el cielo una gran cruz y la imagen de Santiago Apóstol.

Con una traza consolidada y plenamente urbanizada, los españoles que se avecindaron en Querétaro lo convirtieron en el primer asentamiento permanente de peninsulares en el Bajío, conviviendo con los otomis, tarascos y chichimecas asentados en la zona. Querétaro fue base para la fundación posterior de ciudades en el Bajío, caso del Real de Minas de Guanajuato que se funda en 1554, la Villa de la Purísima Concepción de Celaya en 1571, Aguascalientes fundada en 1575 y León en 1576.

La traza de la ciudad presenta signos característicos del urbanismo novohispanos como la existencia de dos ejes principales, uno oriente-poniente, correspondiente a la Calle Real (hoy Madero) y el Camino Real, a San Luis Potosí hacia el norte y a México hacia el sur. Pero también carece de otros elementos novohispanos clásicos como la plaza mayor, la cual está ausente. Por ello el bien es inusual ya que mantuvo la traza cuadrangular de las calles de los conquistadores españoles junto con los callejones serpenteantes de los barrios indígenas.

El Centro Histórico de Querétaro cubre 4 kilómetros cuadrados, con 203 manzanas y un total de 1,400 monumentos protegidos. En la ciudad residen joyas arquitectónicas de los siglos XVII y XVII, como los conventos de Santa Clara y Santa Rosa, claustro de San Agustín, convento de la Santa Cruz, convento de San Francisco (hoy Museo Regional), y la Casa de la Corregidora. Probablemente sea este último monumento el más importante de la ciudad en términos históricos y que actualmente es el Palacio de Gobierno estatal.

La obra urbana de mayor envergadura fue la construcción del acueducto, obra que se inició en 1726 y se concluyó en 1735. Su última parte es soportada por 74 arcos de cantera con una longitud de 1,280 m.

Fue una de las ciudades más importantes durante el Virreinato. Para 1790, Querétaro era la tercera ciudad más poblada del país con cerca de 30,000 habitantes, superada por la Ciudad de México con 104,760 y Puebla con 86,646.