Fundada en el siglo VI, llegó a ser un importante sitio maya durante el periodo Postclásico y formó parte de la Liga de Mayapán, la legendaria alianza de estados mayas de Uxmal, Mayapán y Chichén Itzá, hasta que una guerra civil provocó su práctico abandono hacia el siglo X.

La ciudad se estableció junto a cenotes, lo que dio su nombre. Los cenotes facilitaron la explotación de las aguas subterráneas del área, como el cenote Xtoloc; aunque también sirvieron a otros fines, como el Cenote Sagrado, de 60 metros de diámetro y 13 de profundidad, que fue usado para sacrificios.

Del complejo de monumentos y construcciones se destaca El Castillo, o Templo de Kukulcán que, con sus 30 metros de altura y nueve basamentos, representa el ingenio maya como ninguna otra edificación. Se considera que es un monumento al tiempo pues en él está representado el calendario maya. El templo cuenta con una escalinata con 91 escalones en cada uno de sus cuatro lados que, sumados a la plataforma superior, dan como total los 365 días del calendario maya. Al atardecer de los dos equinoccios (en marzo y en septiembre) la incidencia de la luz solar sobre el templo da la apariencia de la sombra de Kukulkán, que desciende de su templo para fertilizar la tierra. Además, el Trono del jaguar rojo oculto en el templo hace brillar las incrustaciones de jade que simulan sus manchas.

Junto al Castillo, el sitio posee el juego de pelota más grande de Mesoamérica. En total, el complejo arqueológico cuenta con 13 juegos de pelota, pero sobresale por sus dimensiones el ubicado a un costado de la gran plaza norte, que mide 70 metros de ancho y 168 de largo.

Otras obras arquitectónicas notables son el Recinto de las Monjas, estructura que, con sus numerosos cuartos, figuró un convento a los españoles; el Caracol, que recibe su nombre de la escalera interior y se cree fungía como observatorio; el Templo del Jaguar, con decorado alusivo al juego de pelota y coronado en la parte superior con dos esculturas de serpientes de cascabel con las fauces abiertas; el Tzompantli, o muro de cráneos; el Templo de los Guerreros, una pirámide que por su diseño remite a Tula; y el Bosque de las Mil Columnas, contiguo al templo de los Guerreros.

Para el siglo X se dio el segundo poblamiento de Chichen-Itzá, y el más importante para los historiadores, correspondió a la migración de guerreros Toltecas de la meseta mexicana hacia el sur durante el siglo X, quienes dejaron inscrita su visión del mundo y el universo en los monumentos de piedra y obras de arte. Esto dio como resultado el desplazamiento de la arquitectura de estilo Puuc (el Caracol, el Recinto de las Monjas) por uno influenciado por los toltecas (el Castillo, el Templo del Jaguar), así como una fusión de técnicas de construcción entre las mayas y las del centro de México, atestiguada en el templo de los Guerreros. Después del siglo XIII, ningún monumento mayor parece haber sido construido en la ciudad y rápidamente cayó en total abandono a mediados del siglo XV, hasta la excavación de las ruinas en 1841.

Los restos arqueológicos de esta importante ciudad prehispánica se encuentran inscritos en el Registro Internacional de Bines Culturales bajo Protección Especial: 30/03/2025