La ciudad de San Miguel de Allende fue fundada como villa en 1542 por Fray Juan de San Miguel bajo el nombre de San Miguel el Grande. Su nombre se completa en honor al héroe de la Independencia, Ignacio Allende.

En el siglo XVIII, la ciudad floreció y se convirtió en importante centro comercial, industrial y agrícola gracias a los fundos mineros de Guanajuato, pues era paso obligado para el traslado de la plata hacia la Ciudad de México. En esta época se construyeron numerosos edificios religiosos y civiles de estilo barroco mexicano y algunas son obras maestras del estilo de transición entre el barroco y el neoclásico. Conforme a su origen “protector” del camino para transportar los minerales, la villa fue un sitio emblemático de la avanzada hispana por la inhóspita Tierra Adentro, proveedora de seguridad y paz en el tránsito de personas y mercancías.

San Miguel está coronada por la Parroquia de San Miguel Arcángel, impresionante obra de la arquitectura religiosa que fue edificada a finales del siglo XVII. En 1880 se le sobrepuso su fachada neogótica de cantera rosa. Su diseñador, Zeferino Gutiérrez, inspirado por las obras góticas europeas, delineó la torre parroquial con base en unos grabados de la Catedral de Colonia, Alemania.

Debido a su situación, San Miguel de Allende fue un verdadero crisol de influencias mutuas entre la cultura española, la criolla y la indígena, y constituye un ejemplo excepcional del intercambio cultural entre Europa y América Latina 

Situado a 14 km al norte de la ciudad de San Miguel, el Santuario de Jesús de Nazareno de Atotonilco es uno de los mejores ejemplos de arte barroco y arquitectura en la Nueva España. Fue iniciado en 1740 por el padre jesuita Luis Felipe Neri de Alfaro y se compone de una gran iglesia y varias capillas pequeñas, decoradas con pinturas al óleo de Rodríguez Juárez y pinturas murales de Miguel Antonio Martínez de Pocasangre. Estas pinturas y frescos son de gran relevancia pues comparan las similitudes entre San Miguel de Allende y Jerusalén (se trata de uno de los registros históricos más antiguos de la traza urbana de la Villa de San Miguel el Grande). Su construcción culminó en 1748.

El Santuario de Atotonilco es un complejo arquitectónico notable que ilustra una respuesta específica, inspirada por la doctrina de San Ignacio de Loyola. Su decoración interior, especialmente la pintura mural, hace del Santuario una obra maestra del barroco mexicano. El padre Alfaro hizo las comparativas con la ciudad de Jerusalén pues tenía la utopía de implantar una sociedad cristiana perfecta en la nueva Ciudad de Dios, mencionada por San Juan y más tarde por San Agustín.

Tanto el pueblo como el Santuario han estado sujetos a pocas alteraciones significantes en el tiempo, los cambios urbanos se han adaptado a las características y escala de la villa, y los trabajos de la restauración se han llevado a cabo según los principios teóricos y técnicos apropiados.