Durante la época prehispánica, San Miguel el Alto fue asentamiento de comunidades náhuatl conocidas en la zona como cazcanes, cocas o texcuexes y zacatecos. En 1542, la Corona española la reconoció como Villa de San Miguel del Ojo del Agua mediante cédula real; en 1548 se repobló y refundó con grupos provenientes de San Gaspar, quienes se instalaron en el Punto del Agua Caliente y La Cantería, ambos actuales barrios de San Miguel.

En 1762 algunas familias de españoles obtuvieron licencia para establecerse en las jurisdicciones reservadas a los naturales y en donde existió el antiguo sitio prehispánico, lo que dio lugar a un asentamiento de indígenas y españoles. Luego de la independencia nacional, en 1822, San Miguel el Alto se erigió como municipio, resultado de la petición que su población hizo a Antonio Gutiérrez, alcalde de Lagos de Moreno en ese momento. Un siglo después, entre 1926 y 1929, la zona de los Altos fue escenario de frecuentes batallas por el denominado movimiento cristero.

Las características de las edificaciones de la ciudad mantienen su fisonomía urbana tradicional y son elocuente testimonio de su excepcional valor para la historia social, política y artística de México. Por esta razón, el 30 de marzo de 2001, San Miguel el Alto fue declarado Zona de Monumentos Históricos. La zona histórica presenta una traza reticular lineal y su estructura urbana es contenida por el río San Miguel; abarca un área de 0.4734 km2 que comprende 59 manzanas con 611 edificios construidos entre los siglos XVII y XIX; destacan los destinados al culto religioso, como el Templo de San Miguel Arcángel, el Santuario de la Purísima, la Casa Cural y el Atrio.

Otros inmuebles fueron destinados a fines educativos, asistenciales, de servicios y ornato público, así como para uso de la autoridad civil; entre los que se pueden señalar: la Presidencia municipal, Plaza Ramón Corona, portales de uso público, plaza de toros, mercado, escuelas oficiales, puentes y cementerio.

Los edificios restantes son inmuebles civiles de uso particular. Su arquitectura, elementos formales y fisonomía urbana, en conjunto, adquieren gran relevancia pues mantienen la armonía de esta zona cuya conservación integral es de interés nacional.