El Museo ocupa una construcción del siglo XVII. Se trata de la Casa de don Agustín Rivera y Sanromán, historiador, canónigo y escritor emblemático del siglo XIX mexicano, partidario de la Reforma y, por ende, de las ideas juaristas; empleó parte de su obra en reivindicar al insurgente don Pedro Moreno. Este inmueble está bajo custodia del INAH desde 1971. Fue declarado monumento histórico en 1991. Después de un proceso de restauración que se inició a mediados de 2007, abrió sus puertas el 29 de marzo de 2008 para ofrecer exposiciones temporales que lo mismo tratan sobre los vestigios arqueológicos de la región que acerca de su historia y su producción artística.

Forma parte de un importante conjunto del centro histórico ubicado en la plaza Capuchinas, donde colinda en su costado sur con la iglesia y convento de Capuchinas, fundado en 1743, así como con la Escuela de Artes y Oficios fundada en 1834 por el presbítero Miguel Leandro Guerra, la cual se encuentra cruzando la plaza.

Está construido en dos plantas, consta de una crujía en dos niveles y patio en la planta baja, una escalera, un espacio intermedio (bodega y oficina) y la planta alta, la sala de exposición de 850 m2. La fachada se compone de un paramento vertical de planta baja y primer nivel con una altura de 9.5 m por 21 m de ancho, con tres vanos en planta baja y dos en planta alta. Todas las puertas y ventanas se enmarcan con cantera; conserva su balconería de cantera, la herrería de hierro fundido y las gárgolas también de cantera.