Se encuentra alojado en un antiguo cuartel federal construido por Abelardo L. Rodríguez en la segunda década del siglo XX y restaurado y acondicionado como museo en 2004. Su muestra cuenta con piezas pertenecientes a pueblos nativos como los Kumiai, Pai pai y Cucapá, explica su cultura, leyendas...

El cuartel militar de Ensenada de 1886 (luego cárcel y escuela-hospital) aloja el museo de la historia regional: la vida, paisaje y cultura de Baja California desde sus orígenes remotos hasta una sublevación militar de 1885. De vestigios muy antiguos a entrañables fotografías del siglo XIX y XX...

El yacimiento alberga un museo de historia local en el que se exponen objetos pertenecientes a los cinco períodos distintos de ocupación, recuperados durante las exploraciones arqueológicas y presentados con una cuidadosa interpretación. El lugar fue un rancho indígena y sede de la Misión...