El Tajín fue el centro ceremonial religioso de la cultura totonaca y en él se desarrolló una de las arquitecturas más hermosas de la costa del Golfo de México. Por ello, el 14 de diciembre de 1992 fue inscrito en la Lista de Patrimonio Mundial de la UNESCO. Los trabajos formales de investigación en la zona se iniciaron en la tercera década del siglo XX, y con ellos se recuperó gran cantidad de testimonios del arte y la religión del sitio. Por ello, el arqueólogo José García Payón decidió construir y abrir las puertas de un primer museo de sitio, donde era posible apreciar una amplia muestra de frisos y columnas con bajorrelieves, así como esculturas y objetos cerámicos. Sin embargo, pronto se hizo patente la necesidad de contar con un nuevo edificio para albergar parte de la colección del primer museo y piezas procedentes de las nuevas excavaciones. La tarea fue encomendada al arquitecto Teodoro González de León y se inauguró en 1995.

El actual museo de sitio consta de una sola planta dividida en dos salas. La primera exhibe esculturas de piedra y de pasta de cal y arena, junto con maquetas del palacio de las columnas y de toda la zona arqueológica. La segunda presenta un recorrido por la vida cotidiana y la religión, a través de utensilios domésticos, entierros humanos, bajorrelieves y pintura mural donde los antiguos pobladores plasmaron su pensamiento. También se pueden apreciar reconstrucciones del centro ceremonial, el palacio principal y las viviendas del pueblo, y conocer uno de los rituales que ha hecho famoso a El Tajín: el juego de pelota.

Al recorrer el museo el visitante comprenderá el contexto general de la historia de El Tajín gracias a las cédulas de introducción, para después adentrarse en el pensamiento religioso, la vida cotidiana, las clases sociales y las principales ceremonias.