Tres Cerritos es uno de los pocos asentamientos excavados de manera sistemática en la cuenca de Cuitzeo. Su apertura al público es resultado de más de diez años de trabajos, que iniciaron en 1984 encabezados por la arqueóloga Angelina Macías. Los datos obtenidos en este lugar han contribuido de manera significativa a comprender diversas etapas a nivel regional.

Sitio de arquitectura sobria, se caracteriza por plataformas de baja elevación construidas con núcleos de tierra y piedra. Los muros no presentan elementos decorativos, aunque en algunos casos se observan petrograbados adosados. Durante los trabajos de exploración, en el Montículo 3 se localizaron algunos muros que simulaban el talud-tablero teotihuacano. Sin embargo, se trata de un ejemplo aislado.

La arquitectura funeraria es uno de los principales atributos de Tres Cerritos, tal y como se observa en las tumbas localizadas en los Montículos 2 y 3. La distribución de sus elementos (un vestíbulo central y cuatro cámaras colocadas en dirección de los puntos cardinales) deja entrever la concepción cosmogónica. Además, las ofrendas que acompañaban los entierros nos indican lo elaborado de las creencias de sus pobladores con relación a la muerte.

Se ha establecido que en este asentamiento existieron por lo menos dos periodos significativos de ocupación. El primero está asociado a los desarrollos locales de Cuitzeo, momento en que el sitio funge como un importante centro ceremonial, si bien Tres Cerritos era uno de los varios centros ceremoniales que existían en la cuenca. Durante esta primera etapa se observan elementos cerámicos y arquitectónicos que guardan gran similitud con aquellos provenientes de Teotihuacán, los cuales, más que indicar el sometimiento a esta urbe, parecen revelar que su adopción fue un símbolo de estatus por parte de las élites locales.

La segunda etapa de ocupación se relaciona con la llegada de grupos ligados al imperio tarasco, quienes utilizaron un sector de la zona para sepultar a sus muertos. Lo anterior es evidente por el descubrimiento de varios cuerpos localizados sobre los muros y dentro de los derrumbes de las estructuras, por lo que se infiere que Tres Cerritos tenía ya varios años de abandono.