Los primeros hombres que se asentaron en Yautepec llegaron a principios del Preclásico (1200 a.C.-150). De esa época se han rescatado objetos elaborados con barro cocido, desde cajetes, cazuelas y ollas hasta otras formas de vasijas que formaban parte de las vajillas usadas por los pobladores para su alimentación cotidiana. Con ese material se modelaron también figurillas antropomorfas, gracias a lo cual se han podido visualizar los tipos físicos de los habitantes de la época, así como los ropajes, tocados y otros ornamentos que portaban.

Durante el Posclásico Temprano (900-1200), los residentes de Yautepec tuvieron cierto grado de integración con el imperio tolteca, cuyo centro rector se encontraba en la ciudad de Tula, en el actual estado de Hidalgo. De acuerdo con fray Diego Durán, los tlahuica tomaron como capital a Cuaunáhuac y de ahí se extendieron hacia Yautepec, Huaxtepec, Yecapichtlan y Tlaquiltenango.

En los últimos siglos de la época prehispánica, la ciudad fue famosa por la producción de algodón, material que se comerciaba con otros pueblos, ya sea como materia prima, procesado en lienzos de manta o en forma de huipiles bordados con brillantes colores. La fama alcanzada por la calidad y comercialización de estos productos propició la codicia entre las sociedades establecidas en el valle de México. Con el tiempo, las luchas entre ellas cristalizaron: la ciudad de Yautepec fue dominada por los mexicas, quienes recibieron dichos productos como tributo.

Es muy posible que, a su llegada, los españoles se encontraran con un magnífico conjunto integrado por varios palacios, donde habitaban los gobernantes, junto con diversas plataformas piramidales para sostener los templos, numerosas plazas, unidades habitacionales y casas aisladas. Vale la pena saber que, para 1519, Yautepec era una de las siete provincias que regían el actual estado de Morelos.

El único edificio de la antigua ciudad prehispánica que se conserva hasta nuestros días corresponde a un palacio (tecpan), protegido por el INAH a partir de 1989.