Se fundó en 1563 como asentamiento fronterizo que contenía el avance de las tribus chichimecas y protegía los envíos de plata, producto de las minas de Zacatecas. Durante los siglos XVII y XVIII, debido a su situación estratégica y a su capacidad agropecuaria, fue un importante centro productor y distribuidor de insumos para la población minera y los colonizadores de las provincias del norte.

Por las características formales de su edificación, la relación de espacios y su estructura urbana, la ciudad de Lagos de Moreno fue declarada Zona de Monumentos Históricos en 1989. La zona abarca un área de 1.55 km2 y está conformada por 149 manzanas que comprenden 356 edificios con valor histórico construidos entre los siglos XVI y XIX, en ellos se combinan diversas manifestaciones propias de cada etapa histórica. Once inmuebles fueron destinados, en alguna época, al culto religioso: los conjuntos conventuales el Refugio, la Merced y Capuchinas, los templos de la Parroquia de Nuestra Señora de la Asunción, San Felipe de Jesús, el Rosario, el Santuario de Guadalupe, Nuestra Señora de la Luz, el Calvario y las capillas de la Purísima y del Señor de la Misericordia.

Otras edificaciones fueron destinadas a fines educativos y servicios asistenciales, así como al uso de autoridades civiles y militares, entre ellas se cuentan: el Hospital y asilo Rafael Larios, el Teatro Rosas Moreno, el Mesón de Jesús María, el puente sobre el río Lagos, la Escuela de Artes y Oficios, la Escuela Miguel Leandro Guerra y la quinta Rincón Gallardo.

Las construcciones restantes son civiles, de uso particular, y sus características arquitectónicas, elementos formales y fisonomía urbana reflejan las épocas barroca y principalmente la neoclásica.

Lagos de Moreno fue inscrita por la UNESCO en la Lista de Patrimonio Mundial como parte integrante del itinerario cultural Camino Real de Tierra Adentro en 2010.