Este sitio, disperso en las faldas del cerro Peralta y las orillas del río Lerma, sobresale desde época prehispánica por su carácter agrícola. Los terrenos alrededor de la zona, y los cientos de terrazas que se han registrado sobre la ladera norte del cerro que le da nombre, dan cuenta de esta actividad. Además, la cercanía con respecto al Lerma sugiere la existencia de una gran cantidad de recursos lacustres que, se piensa, complementaron la dieta de los antiguos habitantes. Otro factor que contribuyó al desarrollo de estos grupos fue la presencia de yacimientos de obsidiana y riolita en las cercanas sierras de Pénjamo y Abasolo. Su auge tuvo lugar entre los años 300 y 650.

Peralta posee más de 20 grupos de estructuras. En la zona nuclear, sin embargo, destacan El Divisadero y La Mesita, dos conjuntos explorados en su totalidad. El Divisadero está conformado por una plaza que delimitan dos templos y una banqueta designada para habitaciones. Sobre los basamentos de este lugar, que tenía fines rituales, se observan restos de muros de adobe, mientras que la plaza cerrada creaba un ambiente privado para actividades ceremoniales.

La Mesita, cuya base mide más de 150 m, contiene varios elementos arquitectónicos en su interior. Es el caso del patio central, donde se pueden reunir cientos de personas, además de una estructura de base circular que denota una tradición ajena al Bajío. Este rasgo se asocia más bien con el estado de Jalisco, nota que lo vuelve por demás interesante. Otro aspecto arquitectónico digno de destacarse es la presencia de habitaciones en las banquetas interiores de los lados norte y este de la estructura, las cuales fungían como residencia de los grupos de gobierno y, posiblemente, como espacios de almacén.

Los conjuntos Cerrito de Celestino y Yóstiro también son parte del sitio, pero están inmersos en la comunidad actual y no han sido intervenidos para recibir visitantes. Por otra parte el área habitacional, donde se llevaban a cabo las prácticas cotidianas de trabajo, se localiza en el cerro Peralta. Estos conjuntos tienen en común la presencia de basamentos de dimensiones menores y se han identificado como La Joyita, La Crucita, El Fraile, Los Nogales, Los Corrales, El Chan y La Tinaja.

En 2002, el INAH encomendó los trabajos arqueológicos en Peralta a Efraín Cárdenas García, quien se ocupó de excavar extensamente y restaurar los dos conjuntos principales y abrirlos al público en 2008. Otros objetivos de su investigación fueron analizar, a nivel micro y macro regional, la posición que tuvo Peralta en relación con los sitios vecinos, así como estudiar el sistema constructivo, uso de edificios, definición del patrón de asentamiento y registro de las variantes locales en un ámbito regional. También se llevó a cabo el estudio de la flora y fauna del lugar.

En el museo de sitio de la zona arqueológica es posible observar piezas que señalan a Peralta como una sociedad muy participativa en el intercambio de bienes, tanto a corta distancia como a lo lejos.