Poco conocida, esta ciudad maya data de hace 18 siglos y su época de esplendor ocurrió entre los años 600 y 800 después de nuestra era. Los primeros siglos estuvo bajo la hegemonía de Piedras Negras y después de Yaxchilán. El centro político, administrativo y ritual de la ciudad nunca fue demasiado grande, pero sí más extenso y disperso que el resto de las ciudades mayas de la cuenca del Usumacinta, debido a la alta capacidad de producción agrícola del valle donde se extendió, pues además de productos alimenticios básicos también se cultivaba cacao. La ciudad debió de estar organizada en diversos barrios dirigidos por miembros de la aristocracia local, quienes eran los encargados de recoger el tributo para el gobernante.
Bonampak tiene una plaza central rodeada por edificios religiosos, administrativos y habitacionales no muy altos. Una estela de la plaza, y otras ubicadas en las gradas de la Acrópolis, muestran su excelente labrado. Al sur de la Gran Plaza se levanta la Acrópolis, un basamento escalonado de gran volumen y 46 m de altura. Es el lugar donde se encuentran todos los edificios con bóveda maya de la ciudad, distribuidos en dos niveles, a los cuales se llega subiendo por amplias escalinatas. En el primer nivel se encuentran los tres primeros edificios, el de la derecha nos recuerda el magnífico Edificio 33 de Yaxchilán, pues su forma y dimensiones son muy parecidas. El denominado Edificio de las Pinturas consta de tres habitaciones cuyo interior maravilló a los pobladores lacandones que conocieron la ciudad cuando llevaba muchos siglos abandonada, y deslumbró a dos visitantes extranjeros que, un día de 1946, llegaron hasta ahí guiados por lacandones: las tres habitaciones estaban —y están— profusamente decoradas con pinturas murales, entre las mejor conservadas y reveladoras del México antiguo.
Fue durante las tres primeras expediciones científicas en Bonampak, realizadas por el instituto Carnegie de Washington y el INAH entre 1946 y 1948, cuando los pintores Antonio Tejeda y Agustín Villagra realizaron las primeras copias de los murales, labor complicada por la poca visibilidad resultado de una gruesa capa de sales de carbonato depositada sobre los murales que impedía la observación. En 1984, después de amplias y prolongadas deliberaciones a nivel nacional e internacional, el INAH realizó la restauración de los murales, con lo que recuperaron buena parte de su fulgor original.
En la década de los años noventa se efectuaron nuevos estudios de los murales, uno a cargo del Instituto de Investigaciones Estéticas de la UNAM, que culminó con la publicación de dos tomos que incluyen la fotografía total de los murales, y otro de Mary E. Miller, de Yale, quien con base en fotografías realizó la reconstrucción digital de los murales. Desde 2011, el INAH ha iniciado nuevamente un proceso de restauración con métodos modernos, que nos están permitiendo ver con gran nitidez los murales del cuarto 3.
Con esas operaciones, los murales de Bonampak han ido recuperando su voz. En la primera habitación, de izquierda a derecha, quedó plasmada una procesión de sacerdotes y miembros de la nobleza. En la segunda se lleva a cabo una importante batalla donde Chan Muwan II, señor o ajaw de la ciudad, con el apoyo de Yaxchilán, derrotó al gobernante anterior, lo apresó junto con sus capitanes (a los que había tratado de sostener la vecina ciudad de Sak´ Tz´i´) y los preparó para el sacrificio. En la última habitación se dejaron ver, en una ceremonia con danzantes de lujosos atavíos, la familia del victorioso señor y él mismo practicando el autosacrificio de sangrarse la lengua con navajas de obsidiana.
