Al igual que las viejas construcciones monásticas de Europa, no faltó el atrio que desde el punto de vista arquitectónico se asemejaba con los de aquellos pero, la diferencia estuvo determinada por los usos que se le dieron ya que, fue el espacio de múltiples funciones como la enseñanza doctrinal, con su cruz de piedra al centro, su cementerio, capilla abierta, aljibe, cisterna y capillas posas.

Área que destaca por sus gárgolas. Estas graciosas figuras hacen juego visual y armonioso en concordancia con los suaves arcos y esbeltas columnas dobles que rompen con la sobriedad del conjunto. Las gárgolas permitían que el agua de las lluvias, acumulada en la azotea o pisos superiores del convento, cayera a las cañerías del patio y pasara a los aljibes. Fueron artísticamente labradas como criaturas infernales para recordar a los religiosos la continua presencia del mal en el mundo; de ahí que la palabra “gárgola” se utilice hoy en día para designar demonios o monstruos.

Formado por corredores, arquería, patio, cisterna, sala de profundis, refectorio, bodegas, cocina, caballerizas y huertos.

El claustro tenía un patio que capturaba el agua de lluvias en una gran cisterna donde se extraía agua a través de un pozo; los corredores servían para deambular o meditar; el refectorio era un gran comedor que concentraba a todos sus religiosos en la hora de sus alimentos; en esta misma orientación se encontraba la cocina, las bodegas para almacenar todo tipo de víveres, granos y enseres, las caballerizas, los talleres y el huerto. Las pinturas murales, tanto de los corredores tanto como los espacios en general del convento, eran importantes documentos en los que se representaba pasajes bíblicos, vida de los santos, personajes importantes de la Iglesia, etc. Las pinturas del claustro bajo estaban dedicadas a la pasión de Jesús (remates de las esquinas en medias lunas que forman los arcos), a San Agustín (nichos del muro sur), a los apóstoles (medallones del friso en la parte superior de los muros), monogramas de Jesús y María. En la parte inferior de los muros.

Un confesionario que data del siglo XVl interrumpe la armonía del guardapolvo del muro norte.

Los frailes aprovecharon todo tipo de hortalizas y frutas para cultivar sus huertos. Del viejo continente llegó lechuga, col, rábano, lenteja, nabo, berenjena, ajo, cebolla, haba y garbanzo. Se adoptaron siembras nativas como maíz, frijol, chile, quelite, calabaza, maguey y nopal. También plantaron árboles frutales americanos como el zapote, mamey capulín, piña, aguacate y guayaba; y de procedencia europea: durazno, higo, pera, manzana, granada, membrillo, naranja, sandia, limón y plátano.

La fachada fue diseñada para mostrar que la iglesia estaba dedicada a Santa María Magdalena. Aunque los frailes agustinos predicaban la pobreza, consideraban que la monumentalidad de los edificios, que con su gran talla impactaba a los feligreses.

La portería o también llamada portal de peregrinos fue el espacio que los religiosos utilizaron para el oficio de la misa. Al acercarse al portal de entrada del convento podemos observar que los muros están decorados con pintura. A éstos se les llama frescos, pues la técnica que se empleaba consistía en aplicar los pigmentos de color en el muro con aplanado de yeso fresco para que éste los absorbiera y perduraran por mucho tiempo. Una de las escenas que se presenta al norte es el Juicio Final. La inclusión de este tema se explica debido a que los misioneros predicaban el temor a Dios, la conversión verdadera y el arrepentimiento sincero ante la posibilidad de que el mundo llegara a su fin, de acuerdo con lo profetizado por el Evangelio de Juan.

Era un gran comedor que concentraba a todos sus religiosos en la hora de sus alimentos; en esta misma orientación se encontraba la cocina, las bodegas para almacenar todo tipo de víveres, granos y enseres, las caballerizas, los talleres y el huerto.