El Museo Regional de Guadalajara se encuentra en el corazón de la ciudad, en la calle Liceo número 60. Se ubica en el antiguo Seminario Tridentino de San José, construido a finales del siglo XVIII, el cual destaca por su fachada barroca, su patio central y su hermosa escalinata.

El edificio tuvo otros usos a lo largo del tiempo, como cárcel y cuartel durante la Guerra de Independencia, y liceo para hombres a finales del siglo XIX. En 1918 se estrenó como museo, en 1939 se incorporó al Instituto Nacional de Antropología e Historia y en 1976 se reinauguró con una nueva museografía.

Ofrece exposiciones temporales y permanentes, tanto nacionales como internacionales. Su colección es amplia; está compuesta por piezas paleontológicas, arqueológicas, una gran pinacoteca y dos colecciones: histórica y etnográfica. Actualmente se trabaja en una nueva reestructuración, donde se considera un nuevo guion y una museografía nueva, a fin de celebrar su centenario de vida el año 2018.

El edificio del Seminario Tridentino de San José es emblemático de la capital tapatía. Sus orígenes se remontan a 1743, cuando el obispo de Guadalajara, Juan Gómez de Parada, promovió su construcción, y para 1758 ya estaba en funciones. El espacioso y noble inmueble, de fachada barroca, ocupa la manzana ubicada en la esquina noreste de la Catedral, es de planta cuadrangular y tiene dos niveles. En su patio principal se hallan columnas aisladas de orden toscano que rodean el espléndido claustro. La portada principal presenta un nicho con la escultura de san José, la cual está flanqueada por pilastras semicirculares cuyos fustes muestran vides enrolladas. En la parte superior se encuentra labrada el Águila Nacional, emblema traído de la antigua Universidad de Guadalajara en el año de 1939. El segundo patio tiene una magnífica capilla de una sola nave, con un altar de estilo neoclásico y un pequeño coro cuyo acceso es por la planta alta.

Hacia finales de 1810, el colegio resintió los efectos del movimiento de Independencia iniciado por don Miguel Hidalgo. Con motivo de la ocupación de la plaza de Guadalajara por las tropas insurgentes comandadas por José Antonio “el Amo” Torres, fue utilizado como cuartel. Las clases se suspendieron del 26 de noviembre de 1810 al 14 de enero de 1811, tiempo que duró la estancia del padre Hidalgo en esta ciudad. En algún momento fue utilizado también como prisión de españoles, los cuales —se dice—, fueron después sacrificados. Posteriormente, a la salida de Hidalgo, el edificio se convirtió en almacén y cuartel militar de las tropas realistas.

Los orígenes del museo se sitúan en los años 1914-1915, cuando el profesor Ixca Farías se interesó por preservar las obras y objetos de mérito artístico existentes en las iglesias y conventos de Guadalajara. El propio Ixca Farías, después de la entrada a Guadalajara del ejército constitucionalista (8 de julio de 1914), reconoció la necesidad de reunir las obras de arte existentes en las iglesias y casas intervenidas para evitar su destrucción o pérdida. Recordó que, de la Catedral de Guadalajara, gente del pueblo sacó libros y misales para llevarlos a sus casas, pero en aquel momento él no tenía ninguna autoridad para impedir estas acciones.

En su carácter de inspector de obras de arte de Guadalajara, entre 1917 y 1918, Ixca Farías llevó a cabo el inventario de las obras y objetos religiosos de los templos de la ciudad, con la finalidad de reunirlos, en un determinado momento y en un espacio adecuado para su conservación. Esto ocurrió el 10 de noviembre de 1918, con la fundación del Museo de Bellas Artes, hoy Museo Regional de Guadalajara. El acervo se enriqueció a los pocos meses con una importante colección de monedas donadas por el general Manuel M. Diéguez, así como con algunos billetes emitidos por los gobiernos constitucionalistas durante los años 1915-1917.

Durante el largo periodo comprendido entre 1916 y 1980, serán figuras centrales Ixca Farías y José Guadalupe Zuno, quienes como directores dieron al Museo un perfil de institución de cultura. El primero impulsó las bellas artes y el rescate de manifestaciones de la cultura popular, incluidos los grupos indígenas. El segundo, además de ser uno de los fundadores de la Universidad de Guadalajara, fue representante del sentimiento nacionalista en el arte, al promover los trabajos de artistas jaliscienses contemporáneos. Entre sus publicaciones son de interés Las artes plásticas en Jalisco y Don José María Estrada, padre de la Independencia de la pintura mexicana.