El museo conmemora y narra la Batalla del 5 de Mayo de 1862 en contra del ejército invasor del Segundo Imperio Francés. El Fuerte de Guadalupe es un ícono de la ciudad de Puebla: en él y frente a él —lo mismo que ante el Fuerte de Loreto— se libró esa célebre batalla, con el triunfo de las fuerzas republicanas mexicanas del Ejército de Oriente, al mando del general Ignacio Zaragoza. Además, se encuentra donde convergen otros museos, un auditorio y un centro de convenciones. El 15 de enero 1962 se inició el rescate histórico de la zona, lo que incluyó este fuerte y el de Loreto, y el Centro Cívico Centenario 5 de Mayo. En la actualidad, el moderno museo interactivo narra la victoria del general Zaragoza y describe la historia del inmueble en sus distintas etapas: ermita de San Cristóbal (en el siglo XVI), templo de Nuestra Señora de Belén (entre los siglos XVII y XVIII), iglesia de planta basilical en honor de la Virgen de Guadalupe (consagrada en 1816), y fuerte republicano en la Batalla del 5 de Mayo.

Este inmueble era un monumento histórico bien conservado, pero con el Proyecto de Rehabilitación Integral de la Zona de los Fuertes, realizado por el gobierno poblano, con el apoyo académico de la Secretaría de la Defensa Nacional y del INAH, se consolida como un museo el 8 de septiembre de 2012. Una sala de sitio resguarda la colección de aproximadamente 160 piezas, las cuales rememoran y muestran la victoria republicana. Su inauguración coincidió con el 150 aniversario de la Batalla del 5 de Mayo, y en ella se honró también el aniversario luctuoso del general Zaragoza, quien murió el mismo 1862, precisamente el 8 de septiembre, a causa de una fiebre tifoidea.

Una larga historia precede esos hechos. Esta investigación fue hecha por Celia Salazar Exaire, quien indica que el cerro en donde se localiza el Fuerte de Guadalupe fue llamado por los habitantes prehispánicos “Acueyametepec” (cerro cubierto de magueyes y donde abundan las ranas). En el año 1537, una vez fundada la Ciudad de Puebla, los franciscanos, encabezados por fray Toribio de Benavente, construyeron una ermita dedicada a San Cristóbal. Años más tarde y ya convertida en templo, los frailes betlemitas (orden de educadores y enfermeros, fundada en Guatemala en 1656) arribaron al santuario y agregaron la construcción de un hospital (todavía en el siglo XVII); desde entonces el templo, conocido anteriormente como “de San Cristóbal”, comenzó a ser nombrado “de Belem”. En 1756, un temporal sacudió la ciudad de Puebla y perjudicó mucho la iglesia, que debió ser reconstruida y reabrió sus puertas en 1758, bajo la advocación guadalupana. A mediados del siglo XVIII, la iglesia tuvo que ser demolida, y en diciembre de 1816, reconstruida, el Ayuntamiento virreinal de Puebla volvió a dedicarla a la Virgen del Tepeyac. Al estar en un punto elevado, la iglesia servía para vigilar y proteger la entrada de la ciudad.

La ciudad de Puebla, entre el puerto de Veracruz y la capital virreinal, se convirtió pronto en uno de los puntos más importantes del territorio, por lo que en 1816 se inició la fortificación del Templo. La iglesia se mandó rodear con una fortificación que sirviera de protección para la ciudad. Salazar destaca que la obra fue levantada por el ayuntamiento utilizando mano de obra de los presos de la ciudad y con recursos de la ciudadanía. La investigadora también destaca que la planta sugiere que inicialmente se había proyectado en forma cuadrada con trazado abaluartado, del que solamente se logró construir el frente norte y las cortinas oriental y occidental. Ya independientes, en 1862, ante la amenaza de la invasión francesa, el ingeniero Joaquín Colombres se dio a acondicionar la fortificación: hizo mejorar los fosos y aprovechó lo escarpado del cerro para crear una defensa natural.

La parte más sustanciosa del museo es la que se refiere a la Batalla de Puebla. En el espacio que le consagra se muestra que, por orden del presidente Juárez, la estrategia mexicana corrió a cargo del general Ignacio Zaragoza (nacido en 1829 en Bahía del Espíritu Santo, en el estado de Coahuila y Tejas, cerca de la costa tejana, a la sazón territorio mexicano). El general Zaragoza comandó el Ejército de Oriente desde su cuartel en la iglesia y convento de Nuestra Señora de los Remedios, dentro de la ciudad de Puebla (hoy día en la calle 20 Norte, entre 8 Oriente y 6 Oriente). Bajo sus órdenes estaban los generales Felipe Berriozábal, Francisco Lamadrid, Miguel Negrete y Antonio Álvarez, así como el coronel Porfirio Díaz, entre otros oficiales, cuya tropa sumaba alrededor de 5,400 hombres procedentes de Oaxaca, el “Estado del Valle de México”, San Luis Potosí y, desde luego, el Estado de Puebla

El museo describe cómo la batalla se inició aproximadamente a las once de la mañana: un cañonazo del Fuerte de Guadalupe, y los repiques de las campanas de la ciudad la anunciaron. El primer enfrentamiento lo dio, desde el cerro de Acueyametepec, el 6° Batallón de Infantería, comandado por el general Negrete y formado por habitantes de la Sierra Norte de Puebla, quienes rechazaron el avance enemigo. En el segundo enfrentamiento los franceses ganaban terreno, pero su columna fue también rechazada, ahora dos veces, entre fuego de fusilería y combate a la bayoneta de los mexicanos. Las tropas de nuestro país llegaron a acorralarlos y el enemigo empezó a retroceder más ampliamente. A las dos de la tarde la formación y la táctica francesas habían sido prácticamente neutralizadas; pero ellos insistían en combatir.

Igualmente el museo muestra que, luego de descender el cerro, los franceses se reorganizaron y buscaron atacar el suburbio de Xonaca, donde se les enfrentaron e impusieron las tropas de Zapadores y Reforma, comandadas por Díaz. Debido a la fortaleza y denuedo de estos soldados mexicanos, otra vez en combates a bayoneta calada y en cargas de caballería sable en mano, los galos se vieron finalmente obligados a detener su avance y retroceder de nuevo, incluso a huir en desbandada algunas sus formaciones. A la izquierda del enemigo se mantuvo la lucha durante la tercera carga del ejército francés: hacia las tres y media de la tarde, el general enemigo, conde de Lorencez, había formado una nueva columna que se dirigió de nuevo al Fuerte de Guadalupe, igualmente sin éxito. El repliegue enemigo fue entonces general hacia Atlixco, con bajas considerables y muchas pérdidas materiales. En el museo se ilustra cómo una intensa lluvia rubricó al final el fracaso de los invasores.