A diferencia de lo que normalmente se piensa, este antiguo asentamiento integra muchos más vestigios arqueológicos que se distribuyen prácticamente en toda la elevación montañosa y se extienden hasta el colindante Cerro Chihuahua. Entre dichos restos destaca un complejo arquitectónico monumental que abarca toda la cima del Cerro de las Ventanas.

Muy cerca de las faldas se han localizado vestigios correspondientes a la tradición de tumbas de tiro, que datan de los primeros siglos de nuestra era, hace aproximadamente 2,000 años. Estas sociedades eran sedentarias y practicaban la agricultura. En efecto, debido a que el Cerro de Las Ventanas está rodeado por un meandro del río Juchipila, es probable que la siembra fuera una de las principales actividades desarrolladas por sus antiguos habitantes, aprovechando para ello los márgenes.

Por el costado oriente de las faldas se han localizado varias terrazas y plataformas adaptadas al paisaje para contrarrestar la pendiente natural y generar espacios planos destinados a la vivienda y, posiblemente, al cultivo. Adecuaciones de este tipo se observan también en otros sectores del cerro, para la construcción de conjuntos de edificios de uso ceremonial que estuvieron en funciones entre los siglos VII y XV.

Los cambios en la topografía para adaptar la arquitectura fueron modificando la fisonomía del cerro y construyendo un paisaje cultural que funcionó como lugar de culto por lo menos durante siete u ocho siglos.

En las partes bajas del cerro se recuperaron varios enterramientos humanos de diferentes épocas, con ajuares y ofrendas compuestos por pulseras de concha marina, vasijas, figurillas de barro y, en los casos más tardíos, ornamentos de cobre.

La ocupación humana fue interrumpida un par de siglos antes de la llegada de los conquistadores, aunque la región seguía habitada por grupos caxcanes.

Posiblemente debido a sus fértiles tierras, la región se conocía como Xochipillan (“Lugar de flores”). Alrededor de 1530 Cristóbal de Oñate fundó el actual Juchipila cerca de un asentamiento que llamaban Tlatlan o Tlaltan. Para 1541 los caxcanes, cansados de los abusos de los españoles, encabezaron una rebelión indígena que puso en peligro la conquista de la Nueva España. El episodio culminó con la famosa batalla del Cerro del Mixtón, que se resolvió a favor de los ibéricos.

No son muchas las investigaciones realizadas en el Cerro de Las Ventanas. Un antecedente importante es la visita del antropólogo checo Aleš Hrdlička, quien en 1902 tomó algunas fotografías del vestigio emblemático del sitio, pero nunca realizó exploraciones. Varias décadas más tarde, entre 1988 y 1991, la arqueóloga estadounidense Elizabeth Mozzillo hizo trabajos de mapeo y excavaciones, de donde pudo obtener muestras para fechamientos por radiocarbono que abarcan desde el año 20 hasta 1405.

De 2002 a 2006 se llevaron a cabo exploraciones en un conjunto de terrazas al este del sitio, así como levantamientos topográficos en la parte más alta de la Acrópolis. Estuvieron a cargo del doctor Nicolás Caretta. Posteriormente, entre 2008 y 2010, el arqueólogo Armando Nicolau Romero realizó algunas exploraciones y también asumió entre sus funciones el mantenimiento menor. Más tarde, estas tareas pasaron a manos del arqueólogo Marco Santos Ramírez, quien liberó parcialmente la Plaza de los Altares.

Desde mediados de 2014 se desarrolla un proyecto integral de investigación y conservación del Cerro de Las Ventanas, dependiente de la Delegación Zacatecas del INAH, a cargo de los arqueólogos Laura Solar Valverde, Luis Martínez Méndez y Peter Jiménez Betts. Además, se avanza en el proceso de habilitación para regularizar la apertura al público de la zona arqueológica. Como parte de este proyecto se diseñó y construyó el Centro de Atención al Visitante, infraestructura básica para la operación y manejo del sitio. El sitio se encuentra temporalmente cerrado.