El exconvento de la Natividad constituye un magnífico ejemplo de la arquitectura religiosa del siglo XVI, declarado Patrimonio de la Humanidad como parte de la ruta de los primeros monasterios en las faldas del Popocatépetl por su inmenso valor histórico y artístico.

Los inicios de la evangelización en Tepoztlán se deben a la labor de fray Domingo de la Anunciación quien, alrededor de 1534, salió de la ciudad de México para catequizar la región. La población indígena que ahí se encontraba pertenecía a grupos de origen xochimilca que habían sido conquistados por la Triple Alianza durante el periodo de expansión mexica y, cuyas profundas creencias y prácticas fueron difícil de desterrar para los dominicos. Los antiguos pobladores adoraban al dios del pulque, Ometochtli, cuyo templo aún se encuentra en lo alto de la montaña llamada Tepozteco.
El establecimiento de la orden dominica, por mandato del virrey Luis de Velasco, dio lugar a la construcción del convento dedicado a la Virgen de la Natividad, el cual fue levantado entre 1555 y 1580.
La capilla abierta fue levantada en una primera etapa para facilitar a los indígenas relacionarse con el culto al aire libre, de manera similar a las tradiciones prehispánicas. El convento se construyó, a semejanza de otros conjuntos del siglo XVI, con elementos que facilitarían la evangelización de los pobladores como un extenso atrio y las capillas posas, en donde se congregaba el pueblo para conocer la doctrina.

Entre los elementos de mayor interés del conjunto se encuentra la fachada del templo. El arco de ingreso es de medio punto sostenido sobre sencillas pilastras molduradas. A ambos lados aparecen pilastras estriadas y coronadas por capiteles que se extienden hacia el exterior. En el frontón está representada la Virgen del Rosario acompañada de santo Domingo de Guzmán y santa Catalina de Siena, ángeles y querubines, el monograma de la Virgen María y la cruz florida con estrellas emblemática de la orden dominica, y también el perro fiel con la antorcha de la fe, sello igualmente de la presencia dominica.

El convento asimismo cuenta con un claustro adornado con una fuente y un jardín dedicados para la vida conventual de los dominicos. El templo es de una sola nave con cubierta de bóveda de cañón. El interior del convento se caracteriza por las hermosas decoraciones al temple en bóvedas y corredores, que incluyen figuras geométricas y flores dedicadas a la Virgen, emblemas de la orden dominica, hojas de acanto, entre otras figuras.

Una mirada atenta lleva a descubrir los más de cien grafitos anónimos plasmados en los muros del edificio a lo largo de su historia, los cuales documentan otra trayectoria del inmueble, la de los visitantes que, aprovechando las viejas épocas de abandono del recinto, grabaron en él una muestra del imaginario colectivo. No puede dejar de visitarse el mirador, localizado en la planta alta del ex convento, desde cuyas arcadas se aprecia el extraordinario paisaje de Tepoztlán: la cordillera norte del Tepozteco y los valles del oriente, rumbo a Cuautla.
En 1993 el INAH inició el proyecto de restauración. Actualmente, la parroquia de la Natividad está en funciones y el ex convento alberga el Museo y Centro de Documentación Histórica de Tepoztlán, inaugurado el 26 de noviembre del año 2000 en la planta alta del claustro.

El museo está integrado por cinco salas de exhibición, en las que el visitante puede conocer diferentes aspectos de la historia y la cultura de los pueblos que vivían en el actual municipio de Tepoztlán, Morelos. En la primera sala se localiza una gran maqueta a escala del relieve del municipio de Tepoztlán, en la que visitante podrá ubicarse y conocer la riqueza natural de este territorio, con sus diferentes altitudes, microclimas y contrastada vegetación, características que ocasionaron que la mayor parte del mismo fuera declarado Parque Nacional en 1937, y zona de reserva ecológica en 1988 (Corredor Biológico Ajusco-Chichinautzin), hoy Área Natural Protegida.