Morelos y Zapata conforman actualmente la temática de este museo. De acuerdo con la tradición oral, esta casa fue habitada del 19 de febrero al 2 de mayo de 1812 por José María Morelos y Pavón y sus principales generales durante el sitio de Cuautla. El inmueble, construido en el siglo XVIII, se declaró monumento nacional en 1933, en tanto que el 30 de septiembre de 1965 abrió sus puertas como museo dedicado al Siervo de la Nación y a dicho acontecimiento histórico.

El espacio se ha sometido a varias restauraciones, en 1978, 1992 y 2010-2011. Durante la segunda se localizaron varios entierros prehispánicos, así como elementos arquitectónicos virreinales (como aplanados y decorados), junto con monedas y armamento de la época revolucionaria. Como resultado, el recinto se enriqueció para presentar un panorama general del acontecer histórico de la región, desde la época prehispánica (a partir del Preclásico hasta al Posclásico) hasta el zapatismo, pasando por el contacto con los europeos, la evangelización, la Independencia, la Reforma y la fundación del estado de Morelos.

Finalmente, con motivo del bicentenario de la Independencia y el centenario de la Revolución, el museo fue totalmente renovado, de manera que la temática —a través de ocho salas de exposición permanente— gira alrededor de dos personajes fundamentales en la historia nacional: Morelos y Zapata. En la sala de inicio se reconstruye la historia de la casa y se hace una remembranza de ambos héroes. De ahí, el público pasa a las salas donde se proporciona información sobre los habitantes de Cuautla, junto con datos sobre José María Morelos y Pavón, en especial su encuentro con Miguel Hidalgo y Costilla, sus principios como estratega, su llegada a la población, el inicio del sitio de Cuautla, su salida de la localidad, los Sentimientos de la Nación y su aprehensión y muerte. En cuanto a Emiliano Zapata, se resalta las luchas políticas contra Pablo Escandón y Francisco I. Madero, la reunión en Cuautla durante la feria de Cuaresma, la toma de la ciudad, la promulgación del Plan de Ayala y el asesinato de este líder campesino, acaecido en abril de 1919.