La Villa Protectora de San Miguel el grande y Santuario de Jesús Nazareno de Atotonilco se localiza en la región norte-centro de Guanajuato, la cual antes de la llegada de los españoles estaba ocupada por indios chichimecas que se extendían desde Chamacuero hasta Guanajuato y San Felipe.  En esta región los primeros contactos entre los nativos y los españoles se dieron en la década de 1520, sin embargo, la colonización se llevaría a cabo hasta 1542.

La villa de San Juan del Río fue fundada en la primera mitad del siglo XVI, como parte de la jurisdicción de la alcaldía mayor de Querétaro, espacio que cobró importancia tras la apropiación territorial del Bajío por parte de los españoles, convirtiéndose en un enclave muy importante para entrar al norte de la Nueva España.