Este terreno fue comprado a Juan Velázquez de Salazar en 1578; en él se construyó las instalaciones de la Inquisición, así como las residencias de los inquisidores. A lo largo del siglo XVII, los arquitectos Bartolomé Bernal y Pedro Durán llevaron a cabo diversas renovaciones y ampliaciones. El 1 de diciembre de 1732 comenzaron los trabajos de reedificación, los cuales duraron cinco años. En 1853, los profesores de la Escuela de Medicina exigieron el edificio como pago de sus sueldos atrasados. Fue en 1879 que se agregó un segundo piso.