Dos elementos son determinantes en la forma de Yaxchilán como ciudad: el río Usumacinta y las colinas de roca caliza; a partir de ellos el sitio se adaptó y desarrolló. Sobre la terraza de origen fluvial se transformó y construyó a través del tiempo, la Gran Plaza, orientada de oeste a este, donde se agrupa el mayor número de edificios. Otros conjuntos se construyeron sobre las colinas de roca caliza situadas al sur de la Gran Plaza, con dos grupos principales a los que Teobert Maler bautizó como Gran Acrópolis y Pequeña Acrópolis.

Edificio 6: También es llamado el Templo Rojo de la Ribera por el colorido de sus estucos. Esta edificación aún conserva el primer cuerpo de su crestería calada. En este edificio, al igual que en los 33 y 25, se localizó una gran cantidad de cerámicas lacandonas así como tablas de rezo. En efecto, siglos después del abandono de Yaxchilán, diversos grupos de lacandones solían visitar el lugar para realizar ceremonias propiciatorias en honor de sus dioses.

Edificio 12: El Edificio 12 es una de las estructuras arquitectónicas más sencillas que se construyeron en la ciudad. Su interior está formado por dos crujías paralelas que estuvieron cubiertas con la típica bóveda maya. Se accede a su interior a través de nueve vanos, siete sobre la fachada principal y dos en ambas fachadas laterales. Lo importante de este edificio es la presencia de ocho dinteles, labrados en su cara inferior con texto jeroglífico, de los cuales tres se encuentran in situ, dos en el Museo Nacional de Antropología y otro más en el Museo Británico. Aparentemente se trata de una vieja lista de gobernantes; los diez primeros definieron el destino de Yaxchilán durante la primera mitad del siglo VI. Con el paso de los años, este edificio sufrió una serie de modificaciones que van desde subdividir sus espacios interiores hasta cegar los vanos de acceso, salvo el central. Finalmente, junto con el resto de la ciudad, fue abandonado totalmente hacia el año 900.

Edificio 13: Se ubica en la segunda sección de la Gran Plaza formando el núcleo que la limita en los extremos noroeste y noroeste. El lado noroeste corre paralelo al río Usumacinta. A través del tiempo, el Edificio 13 sufrió algunas modificaciones, como la sustitución de los dinteles de madera por unos labrados en piedra que procedían de otro edificio. En el acceso central se menciona a Escudo Jaguar (700), el acceso noroeste se refiere a Pájaro Jaguar IV (747) y el del extremo suroeste se dedicó al señor Mahnk´ina Cráneo III (800).

Edificio 14, Juego de Pelota: Al parecer, a la muerte de Escudo Jaguar I, una de sus esposas asume el poder por un breve periodo, conocido como interregno (742 a 752), durante el cual prepara la ascensión al poder de su hijo, Pájaro Jaguar IV, también llamado el Grande. En ese breve lapso se construyeron dos estructuras en la Gran Plaza, el Edificio 19 o El Laberinto y el número 14, que corresponde a uno de los dos juegos de pelota existentes en la ciudad. El eje del Juego de Pelota Edificio 14 corre casi en sentido norte-sur; y entre éste y la Estructura 12 hay una serie de pequeños cuartos que, en opinión de García Moll, debieron de servir como baños de vapor.

Edificio 16: Es un edificio de planta cuadrangular con dos crujías paralelas en su interior, las cuales estuvieron cubiertas bajo una bóveda. Originalmente poseía sólo tres vanos de acceso, pero en una modificación posterior se agregaron dos reducidas habitaciones en el extremo norte. Sobre los tres primeros vanos se encuentran tres dinteles, labrados en su cara frontal, donde los protagonistas son Pájaros Jaguar IV y dos mujeres, los tres en el rito de "la visión de la serpiente", vinculado con el autosacrificio.

El Laberinto o Edificio 19: Este Edificio 19, también llamado Laberinto, es sin duda la estructura más compleja de todo el sitio. Su construcción puede situarse entre los años 742 y 752. Está directamente vinculado con toda la plataforma que cierra la Gran Plaza en el extremo noroeste. En la porción superior, tiene dentro una amplia crujía, tres cámaras menores y dos escalinatas que descienden a una serie de pasadizos y crujías inferiores con banquetas, todo cubierto por la típica bóveda maya. Frente a su fachada principal se sitúa el Altar 1, único monumento escultórico asociado con este edificio.

Edificio 21, Estela 35: Hacia el límite sur de la Gran Plaza comienza una sucesión de plataformas que alojan diversos grupos de edificios; destaca el 21 por su estela y la decoración en estuco. En los estucos, aparecen cuatro mujeres y un hombre sentado sobre una banqueta rematada en sus costados por grandes cabezas de serpiente, de cuyas fauces emerge la figura de un Chaac o Tláloc. Quizás se trate de la Dama Ik-Cráneo, quien ocupa el lugar central y además se la representa en la estela. En ella se conmemora un importante rito de derramamiento de sangre, el cual era efectuado por gobernantes y sacerdotes punzándose la lengua, en el caso de las mujeres, y el pene, en el de los hombres.

Edificio 30: A una altura de 20 m sobre el nivel de la plaza y como parte de la Gran Acrópolis, se construyó una amplia terraza donde se levantan los edificios 27, 28, 29 y 30, cada uno con su propio basamento y su propio acceso desde la plaza. El Edificio 30 está compuesto por un basamento de dos cuerpos con escalinatas y un templo de planta rectangular; su interior se compone de dos crujías intercomunicadas con bóveda. En la fachada norte se abren tres vanos que dan acceso al interior del edificio; poseen dinteles monolíticos de roca caliza, labrada sin decoración. Debajo de las cornisas de las fachadas este y oeste se ubican dos pequeñas ventanas que seguramente sirvieron para ventilación. La cornisa descansa sobre una moldura, a partir de la cual se inician los tableros con decoración en estuco modelado y policromado. De los elementos de decoración en estos tableros sólo se conservan parcialmente algunos nichos pequeños y restos de un mascarón de estuco, que sirve de marco a otras dos ventilas.

Edificio 33: Esta estructura, compuesta de un basamento y un templo, se levanta en una colina a 40 m de altura sobre el nivel de la Gran Plaza. Es la obra más importante realizada por Pájaro Jaguar IV (752 a 772) y también es la mejor conservada en sus elementos arquitectónicos y decorativos. Desde la plaza se accede por una escalera monumental frente a la Estela 1, que comienza con un tramo de seis escalones construidos con base en grandes bloques labrados, los cuales terminan en una pequeña explanada en donde se localiza un adoratorio con la Estela 2 (con la fecha 537) flanqueada por dos altares. A este edificio se asocian directamente tres dinteles (1, 2 y 3), una estalactita labrada (Estela 31), una escultura antropomorfa y la Escalera Jeroglífica 2. Tanto en los dinteles como en la Escalera Jeroglífica, el personaje central es Pájaro Jaguar IV. Durante su gobierno se consolidó la conquista sobre otros territorios y la ciudad llegó a su máximo esplendor. Los hechos más comunes que se narran en estos monumentos son el autosacrificio “la visión de la serpiente” y el Juego de Pelota”.