En todos estos edificios se han localizado entierros de la élite gobernante.

Templo de la Calavera (Edificio XII): Se ubica en el extremo suroeste de la plaza principal, al oeste del Templo de las Inscripciones. El templo consta de dos crujías alargadas desplantadas de este a oeste, la crujía posterior se divide en tres habitaciones, y la anterior funciona como vestíbulo. Los vanos carecen de dintel, las pilastras conservan en la base un relieve de cráneo de conejo. El basamento piramidal consta de seis cuerpos, y cada dos niveles se presenta una entrecalle más amplia, a manera de andador que circunda el edificio en sus caras norte, este y oeste.

Templo XII A: Se ubica al suroeste de la Plaza Central, al este del Templo XII o de la Calavera y al oeste del Edificio XIII o Tumba de la Reina Roja. La estructura no conserva la crestería, cubierta y templo sobre el basamento, el cual consta de seis cuerpos; los dos primeros son escalinatas a todo lo ancho del edificio y los cuatro restantes presentan un núcleo expuesto, conformado por piedras sueltas.

Tumba de la Reina Roja (Edificio XIII): Se ubica en la parte sur de la Plaza Central, al este del Templo de las Inscripciones (muestra su última etapa constructiva). En la escalinata, a la altura del entrepiso del primer cuerpo, se localizó un acceso a un templo interior, donde se descubrió la tumba de la Reina Roja. Esta estructura no muestra testigos ni de la crestería ni de la cubierta y actualmente muestra sólo los arranques de las pilastras y muros del templo. Consta de dos crujías prolongadas de este a oeste; la crujía posterior se divide en tres habitaciones, y la anterior funcionó como portal. En el acceso se observan huellas de tres vanos.

En cuanto a los basamentos piramidales, consta de cinco cuerpos, que se unen al costado este del Templo de las Inscripciones, formando el quinto cuerpo un gran andador sobre el que se desplantan dos cuerpos más, y sobre éstos sólo se conservan los arranques de muros y pilastras. Parte del lado norte está cubierto por una techumbre de palma de guano que protege la sección de la escalinata. La estructura de la cubierta es sostenida por maderos rollizos de mangle. Hacia el lado este, adyacente al Templo de las Inscripciones, existe un relleno con una cavidad que formó parte de la estructura de la última etapa constructiva del templo. Las dos entrecalles, ubicadas en el lado norte en un eje este-oeste, carecen de enlajado, sin embargo, están revestidas de pasto tipo remolino. Detrás de las escalinatas de acceso a la última etapa constructiva se localizó el acceso a una estructura interior más antigua que se convirtió en la cripta donde se depositaron los restos de la Reina Roja. Las alfardas de la última etapa constructiva no son visibles, aunque se distingue un volumen de material de relleno cubierto con pasto tipo remolino.

La construcción interior consiste en un templo sobre el cual se construyó otro, que modificó sustancialmente el espacio y la perspectiva urbana. Es una crujía dividida en tres habitaciones, de las cuales la central fue sellada y ocupada como cripta funeraria. El templo quedó rodeado por un pasillo, cuyos extremos dan a tres accesos frontales, dos posteriores. Una parte de la cubierta y posiblemente la crestería que adornaban este templo se observan y funcionan como una subestructura. El espacio central está ocupado por un sarcófago monolítico de piedra caliza. La cavidad del sarcófago presenta una capa de pintura de óxido de hierro (cinabrio).

Templo de las Inscripciones (Tumba de Pakal): Se ubica en el extremo Sur de la Plaza Central, cercano a la esquina suroeste de El Palacio. De la crestería que corona el templo se pueden observar exclusivamente los arranques de bloques de piedra caliza cubiertos en pocas secciones con estuco, donde se asentó este elemento estructural y arquitectónico, sobre la cubierta del templo. El templo se compone de dos grandes crujías con cubierta de bóveda maya, de piedra salediza, orientadas de este a oeste; en su interior se localizan tres tableros. En el muro medial se encuentran dos de ellos, y uno posterior se divide en tres habitaciones, siendo las de los extremos menos largas que la central, en la que se ubica la entrada al túnel que conduce a la cripta funeraria del personaje conocido como Pakal. 

La crujía anterior es corrida, y a este espacio se accede por cinco vanos que son los accesos al templo. La entrada principal es al centro y tiene forma cuadrada, las laterales presentan forma rectangular. Las pilastras frontales son seis, de las cuales cuatro conservan personajes en estuco moldeado y policromía. En las alfardas que delimitan el acceso al templo se formaron dos grandes figuras con personajes hincados, realizados en roca caliza, localizadas a ambos lados de la escalinata principal que conduce al templo; estas piezas están formadas por un panel y otro bloque de piedra caliza colocado en la parte superior de cada una.

En cuanto a los basamentos piramidales que sustentan el templo, en el lado Norte consta de nueve cuerpos (los cuales corresponden a la segunda etapa constructiva), estos muestran algunas fisuras por asentamientos y juntas constructivas de intervenciones posteriores, las cuales provocan filtraciones. En los arranques del basamento, sobre el primer cuerpo, se observa la tercera etapa constructiva, que cubre parte de la escalinata principal. Solo los lados de la escalinata conservan salientes de piedra, que corresponden al ensamble de la tercera época constructiva.

Construcción interior subestructura: Consiste en una cámara funeraria que funciona con una escalinata interior compuesta por setenta y tres escalones. Se trata de una crujía edificada de norte a sur dividida en tres apartados, cuya parte central se ocupa con los elementos de la cripta funeraria, del lado sur con los escalones que llevan hacia el sarcófago y, al norte, se ubica el soporte para la lápida que cubrió el sepulcro monolítico. El bloque tiene una cavidad donde se conservan los restos de Pakal. La osamenta está cubierta con una fina tapa de piedra caliza con cuatro orificios, dos en el lado norte y dos en el lado sur. La cámara quedó rodeada por un pasillo interior y del lado sur con un acceso a la cripta, con tres escalones exteriores y cuatro interiores diseñados como nichos de piedra caliza. El interior de la cámara presenta cinco nichos, ubicados dos en el lado este y dos en el lado oeste, y uno más en el lado norte. En estos espacios se localizan siete personajes modelados en estuco, dos más en los costados del acceso principal. Estos personajes se conocen como los Nueve Señores de la Noche. Por el lado norte se presume que ingresaron los monumentos monolíticos, para posteriormente tapiar el acceso. Se cubrió el exterior con la gran escalinata, mientras que hacia el interior se plasmó un personaje modelado y obstruido por la base que soportó la lápida. El sarcófago está sostenido por seis bloques de piedra caliza. La lápida se encontraba suspendida sobre rieles especiales colocados en la década de 1950.

La Gran Plaza: Es el espacio abierto de mayor tamaño donde se organizaban los rituales más importantes y los eventos cívicos de mayor trascendencia.