Ciudad matlazinca conquistada por los mexicas aproximadamente en el año de 1476, estuvo dedicada por ellos a puesto de vigilancia de rutas comerciales, guarnición militar y punto de protección de un importante acueducto hacia Tenochtitlan. Además de la formación y consagración de guerreros de élite, fue un santuario para el culto de deidades bélicas, así como agrícolas. Su nombre pudo hacer referencia a Malinalxóchitl —“donde reside Malinalxóchitl”, “donde se la adora”, que a su vez sería “flor de la hierba para hacer sogas”, “flor del zacate carbonero”—, diosa de la hechicería y la adivinación aciaga, hermana de Huitzilopochtli lo mismo que Coyolxauhqui.
Estuvo poblada desde antes de nuestra era, recibió la influencia de Teotihuacán —reconocible sólo en restos de cerámica— y llegó a beneficiarse y a controlar parcialmente el comercio con la Tierra Caliente (actuales estados de Morelos y Guerrero) y el Altiplano central. En ella parece haber sido importante la práctica ritual de los sacrificios humanos de guerreros apresados en la xochiyáoyotl o guerra florida.
Entre sus monumentos más notables están el conjunto del Cuauhtinchan (“morada de águilas”), la porción mejor preservada. Entre los edificios labrados destaca el templo monolítico denominado el Cuauhtinchan, que fue tallado para celebrar rituales militares. Éste es un caso único en Mesoamérica. Resalta la complicada disposición del asentamiento, que parece haber tenido propósitos defensivos. En una de sus estructuras seguramente se llevaba a cabo algún consejo militar.
Por su parte el Cuauhcalli (“casa de las águilas”), denominado también Templo I o Templo Monolítico porque se encuentra labrado en la roca, fue escenario de reuniones militares y quizá religiosas. Posee una techumbre reconstruida utilizando materiales autóctonos como la palma y la madera, acorde con la original, según los elementos de las figurillas de barro procedentes de la zona arqueológica y las huellas de postes y canales de desalojo de agua pluvial labrados en la roca del mismo edificio. Está dotado de una escalinata bordeada por dos esculturas de ocelote y una central (esta última probablemente sirvió de portaestandarte), y posee canales de escurrimiento que protegen el edificio de la lluvia. Su puerta mayor tiene la forma de fauces de una serpiente que representa el monstruo de la tierra, y en el piso por fuera de la puerta se observa la talla de una lengua bífida frente a la cual se abre un orificio para depositar ofrendas. Esta puerta conduce a un recinto con una banqueta circular a su alrededor, al centro de la cual se advierte la figura de un ocelote y dos águilas con las alas desplegadas en actitud de vuelo, aunque en realidad representan elegantes tapetes, porque sus garras se encuentran hacia atrás y no debajo del cuerpo. En el caso del ocelote, las patas se encuentran de igual forma: abiertas y no en actitud de acecho. En la parte media del santuario se localiza un águila con las alas recogidas y detrás de ella un orificio para depositar la ofrenda de sangre ritual.
En el Edificio III o Tzinacalli (“casa de los quemadores”) se cree que se incineraban los restos de los guerreros caídos en combate.
Las Cartas de Relación de Hernán Cortés consignan que, en 1521, se encomendó al capitán Andrés de Tapia conquistar y reducir a obediencia la guarnición y población mexicas de Malinalco, después de lo cual los sobrevivientes fueron entregados posteriormente en encomienda.
En 1905 hubo una primera exploración del sitio, cuyos resultados describió el doctor Francisco Plancarte y Navarrete, segundo obispo de Cuernavaca, quien consideró que Malinalco había estado dedicada al culto de Xiuhtecuhtli, el dios del fuego. En 1925, una segunda exploración a cargo del arqueólogo Enrique Juan Palacio permitió hacerse una idea más clara de la amplitud e importancia de la zona. Las nuevas exploraciones y excavaciones sistemáticas conducidas por el INAH han vertido mucha luz sobre este sitio sorprendente.
