Al pie de la entrada al templo encontramos tendida una enorme lengua bífida. Al este de la puerta podemos apreciar la hermosa escultura de la cabeza de una serpiente de carácter bélico en la que descansan los restos de la estatua de un guerrero, y al oeste se halla otra escultura en forma de un enorme pedestal, simbolizando un tlalpanhuehuetl (tambor de guerra), sobre el cual se encuentran los restos de la escultura de otro guerrero: al parecer, ambas piezas funcionaban como portaestandartes. Como en otros edificios mexicas, el orificio de la boca de la serpiente servía como entrada al recinto, con la diferencia de que el templo de Malincalco añadía un dramatismo especial gracias a que la enorme lengua bífida de la serpiente servía como tapete de entrada. 

El templo es extraordinario en su interior. En el piso hay una especie de banqueta que rodea el espacio a manera de hemiciclo, donde se encuentran dos águilas y, entre ambas, un ocelote. En el centro del recinto se encuentra otra águila con la misma actitud que las anteriores y, atrás de ella, un agujero redondo donde posiblemente se depositaba el corazón de los sacrificados. En términos generales, este templo servía de escenario para llevar a cabo las ceremonias de iniciación de los guerreros águila y jaguar, de ahí que predominen las esculturas de estos animales. Con todo, hay una tercera figura que aquí cobra una importancia fundamental: la serpiente.

Se trata de una pirámide truncada orientada al oeste, de una sola escalinata con alfardas. Está construida de piedra y recubierta de una capa de estuco.

Esta interesante construcción recubierta de estuco consta de dos cuartos: el primero rectangular y el segundo circular. A la entrada del primero se encuentran un par de pilares que sostenían los dinteles, la fachada y el techo. Alrededor de este cuarto, que originalmente se hallaba decorado con una pintura mural, se encuentra una ancha banca o plataforma que lo recorre en sus lados este, oeste y norte, donde se divide en el centro para formar la entrada al segundo recinto: el circular, en el que, como el anterior, se halla un altar muy destruido por el fuego. Tanto al este como al oeste de estos templos es posible advertir restos de aposentos que deben haber servido de residencia. En su interior se cree que llevaban a cabo las fiestas de incineración de los miembros de la organización militar que fallecían o caían prisioneros en el campo de batalla.

Se trata de una amplia estructura rectangular semi monolítica con características de plataforma. En el centro de este amplio cuarto se encuentran dos bases monolíticas alargadas en forma de sarcófagos, las cuales servían de base a los pilares de madera para el sostenimiento del techo. Se cree que en este lugar se efectuaba, cada 260 días, el netonatiuhzaualiztli, es decir la gran fiesta del Sol.

Es muy pequeño, su diámetro apenas rebasa los 2 metros, y se levanta sobre una plataforma. Su planta es circular y de mampostería. Fue destruido casi por completo.

Se hallaba en vías de construcción a la llegada de los españoles, motivo por el cual nunca fue terminado. Al parecer, se pretendía edificar un monumento redondo. Entre los escombros se encontraron algunos de los cinceles de pedernal que se utilizaban para su construcción.

En la parte más alta del cerro de los ídolos, en una plataforma artificial, se hallan basamentos piramidales, restos de habitaciones y murallas. En este sitio se encontró una escultura de piedra de Ehécatl-Quetzalcóatl, dios del viento, así como urnas funerarias en forma de cilindro.

Es un pequeño cuarto cuadrangular localizado en la parte superior del templo monolítico; se estima que debió haber sido utilizado como aposento de algún sacerdote.

Son los restos de otro pequeño basamento habitacional hacia el cual conduce la escalera monolítica que se localiza en el lado poniente del templo.

Estructura rectangular con restos de muros muy angostos, los cuales en algún momento fueron tapiados. Se considera que pudo haber sido utilizada como granero o almacén de armas.