Uno de los descubrimientos más sobresalientes en el sitio de La Nopalera es su arquitectura funeraria. Los trabajos de excavación permitieron encontrar una serie de enterramientos que son clave para entender la ocupación de La Nopalera. El llamado Patio de las Tumbas está localizado en el extremo suroeste del patio hundido. Aquí, se excavaron alrededor de siete tumbas construidas a partir de bloques de cantera trabajada y recubiertas con grandes lajas que sirvieron de techumbre. Al menos seis tumbas correspondían a individuos sepultados de forma individual que estaban acompañados de una suntuosa ofrenda cerámica y artefactos como metates, piezas de obsidiana negra, objetos de concha, etc. Inicialmente se pensó que estos entierros eran contemporáneos a Tzintzuntzan; sin embargo, estudios recientes señalan que pertenecen a un periodo previo al señorío tarasco, entre los años 200 y 500. En la parte superior de las sepulturas fueron colocados varios entierros directos es decir sin ninguna construcción especial para colocar los cuerpos acompañados de objetos con una clara filiación tarasca. Esta acción no sólo indica un cambio radical en los patrones funerarios, sino que marca por completo el establecimiento del poder de Tzintzuntzan en la región de Cuitzeo.

En el sector sur del sitio existe un afloramiento de rocas donde se localizaron varios petrograbados con diversas representaciones de puntos, espirales y algunos otros motivos abstractos. De este conjunto destacan los restos de una cruz punteada, elemento que al parecer tenía una finalidad calendárica.

Este tipo de espacios arquitectónicos se caracterizan por ser el eje sobre el cual se distribuyen varias construcciones. En La Nopalera, el patio hundido sigue el mismo patrón que apareció en la vecina región del Bajío durante los años 100-900, esto es, un espacio rodeado por una estructura perimetral y que además carece de un altar central. Los trabajos que realizó la arqueóloga Angelina Macías en los años ochenta del siglo XX, permitieron conocer que la superficie de este espacio tenía un empedrado burdo a 1.30 m por debajo de la banqueta perimetral. Hacia los flancos norte y sur del patio están las escalinatas de acceso, y había otra en el extremo oeste del patio que no es posible ver porque fue tapada durante el periodo de ocupación tarasca.

La arqueóloga Angelina Macías también descubrió en aquella época 35 entierros con elementos de filiación tarasca. Aunque no presentaron un patrón, sí se determinó que fueron dispuestos dentro del relleno, por lo que se infiere que formaban parte de una ofrenda relacionada con la edificación del nuevo templo. Asimismo, se encontraron varios miembros y cráneos que muestran prácticas de mutilación y decapitación. De acuerdo con la Relación de Michoacán, al ser construido un templo era costumbre sacrificar a algunas personas, generalmente cautivos.

Se compone de dos ejes que cruzan dos círculos concéntricos, trazados mediante pequeñas oquedades en la piedra. La orientación de los ejes sigue generalmente los puntos cardinales con muy pocos grados de desviación. De esta manera se representaba el “cosmos mesoamericano”, es decir los cuatro rumbos y el centro. La presencia de este petrograbado en La Nopalera data del primer periodo de ocupación del sitio.

Originalmente se pensó que se trataba de un espacio donde vivía la élite de La Nopalera, pues consta de una serie de cuartos en los que el material arqueológico no fue tan abundante. Hoy se propone que esta área corresponde a una etapa de ocupación intermedia del sitio.

Esta franja de tierra se encuentra en el costado oeste del Patio hundido. Aquí se localizaron 35 entierros con elementos de filiación tarasca, así como varios miembros y cráneos que indican prácticas de mutilación y decapitación.

Dentro de la tradición religiosa mesoamericana las plazas jugaron un papel importante, debido a que en ellas podían desarrollarse diversas actividades, entre otras, la congregación de personas durante las celebraciones religiosas. La Plaza Este ocupa un lugar central en la conformación de la última etapa del sitio. La escalinata, localizada en la fachada oeste del Montículo 2, es señal de que en algún momento el templo estuvo relacionado con la plaza, y se infiere que eran parte del mismo conjunto arquitectónico. La relación entre plaza y templo es común en sitios como Ihuatzio y Tzintzuntzan.

Está ubicada en el extremo norte del Patio hundido. El edificio está compuesto por una plataforma mixta, esto es, por una planta circular hacia el norte, y otra más de forma rectangular localizada en dirección al Patio hundido. Aunque esta construcción mantiene semejanzas con las yacatas de la arquitectura tarasca, no lo es en sus proporciones. Cabe precisar que este mismo tipo de edificios han sido reportados en las cercanías de Salamanca, en el actual estado de Guanajuato.

Al interior de este espacio fueron localizados restos de un recubrimiento de barro quemado con huellas de carrizo, material sumamente común en la región. En la parte exterior del templo se descubrió una construcción que ha sido interpretada como un adoratorio.