El nombre de Tepapayeca proviene del náhuatl y significa “suelo cercado por tapias de piedra” ó “suelo cercado de tecorrales”.

Este sitio fue ocupado en el periodo Posclásico Tardío (1200-1521), aunque siglos atrás la zona había sido escenario de migraciones, a través de las que se consolidaron múltiples alianzas, grupos como los pame-otomí, mazatecos, mixtecos y popolocas penetraron en la región.

Poco antes de la Conquista de México el sitio fue sometido por la Triple Alianza: Tenochtitlan, Texcoco y Tlacopan, a fin de proteger una ruta comercial que era de gran importancia, así como para prevenir las invasiones de grupos mixtecos, que reclamaban el dominio sobre la región. La Triple Alianza estableció una fuerte guarnición en Huaquechula y Tepeojuma, cuya labor consistió en evitar sublevaciones entre los pueblos dominados.

En el antiguo centro ceremonial de Tepapayeca se construyeron cinco edificios de los cuales hoy sólo podemos observar los restos del templo principal. Fueron levantados con piedra bola de río y lodo, las paredes estaban recubiertas con piedra labrada y al finalizar la construcción se aplicó un aplanado de estuco. La cerámica hallada en el sitio muestra una fuerte relación con la mixteca pero también se observan lazos con las rutas comerciales que llegaban desde el sureste y el Golfo de México.

En el siglo XVII, ya destruido el basamento mayor, los dominicos construyeron una capilla en la cima de este templo para los actos de culto en Viernes Santo. Durante la época colonial la superposición de templos católicos sobre antiguos adoratorios indígenas fue una práctica frecuente en toda la América hispana.