El nombre de esta zona arqueológica significa “tronco de los árboles de huhub” (Pinus caribaea) y, como muchos locativos peninsulares, alude a un elemento de la naturaleza. Se desconoce la antigüedad del topónimo, si bien existe otro lugar con igual nombre en el sector central de Quintana Roo. El asentamiento prehispánico de Chunhuhub fue erigido sobre colinas de poca altura y sabanas de kankab (tierra rojiza), y alrededor del año 500 aumentó su demografía. Los vestigios mejor conocidos datan del periodo Clásico Tardío y Terminal, es decir, de los años 600-900-1000.

A mediados del siglo XIX, los exploradores John L. Stephens y Frederick Catherwood reportaron el sitio por primera vez. Publicaron sus observaciones en 1841 y, en 1843, vio la luz el libro Incidentes de viaje en Yucatán, escrito por John L. Stephens e ilustrado por Frederick Catherwood, quien dibujó también algunos de los muchos edificios visitados en la península yucateca. Después, en 1887, Teobert Maler elaboró los primeros registros arquitectónicos y fotográficos de Chunhuhub. En la década de 1930 Harry Pollock documentó la zona arqueológica y varias de sus esculturas, que habían sido reutilizadas en fachadas de las casas de Xculoc, población que dista 5 km de la zona arqueológica.

Las primeras labores de consolidación y restauración en Chunhuhub fueron emprendidas en los años ochenta por Luis Millet Cámara. Vino después, entre 1986 y 1991, un registro y estudio del patrón de asentamiento, análisis encabezado por los arqueólogos franceses Dominique Michelet y Pierre Becquelin. Pocos años más tarde Renée Zapata dio mantenimiento a los edificios hoy visitables. En 2007 se efectuó el polígono de protección de Chunhuhub, mismo que comprende poco más de 45 hectáreas.

Chunhuhub cuenta con varios ejemplos de arquitectura Puuc, en especial con obras de las fases Junquillo y Mosaico (800-950), que se caracterizan por el uso de columnillas simples o con atadura, grecas y sillares muy bien labrados.