Se encuentra situada en la región de los lagos del Bajo Petén, en la zona del estilo arquitectónico Río Bec. La ciudad maya de Chakanbakán es uno de los asentamientos prehispánicos pertenecientes a la serie de ciudades características del Bajo Petén. Su ubicación geográfica la privilegió con recursos naturales, lo que permitió a los habitantes construir una ciudad protegida y de este modo, desarrollar confortablemente su cultura. Durante el Preclásico Tardío, Chakanbakán parece haber ejercido el control social, político y económico de la región.

La importancia de la ciudad llegó a ser tal que logró sobrevivir y tener un nuevo auge en el periodo Clásico, época en la que aumentó el volumen tradicional de las estructuras de la época. Su papel hegemónico en la microrregión y la presencia de materia prima en la misma le permitieron convertirse en importante productor y exportador de herramientas de pedernal y otros bienes. Sin embargo, no mantuvo su autonomía, ya que el poder social, político y económico se localizaba relativamente cerca, en la capital regional Calakmul. Aun así, logró vínculos comerciales más allá de su zona con culturas del centro del altiplano central. No obstante la importancia adquirida, los efectos del colapso maya la condujeron al mismo destino que a las demás: la ciudad fue abandonada de manera inexplicable.

Durante el Posclásico, el Nohochbalam (pequeño templo en la cima de la pirámide donde continuaron realizándose rituales y depositándose ofrendas a deidades) siguió atrayendo a los moradores regionales. A la llegada de los conquistadores europeos la ciudad ya había sido abandonada y nunca más volvió a recuperarse, ni siquiera en los siglos posteriores, cuando los cehaches (indígenas aún no sometidos a la autoridad de los conquistadores) dominaron la región.

Levantaron sus casas con bajareque y guano, y debieron haberse establecido cerca del centro cívico-religioso ubicado donde hoy se alzan los edificios de mayores dimensiones. Por los años 300 d.C-50 a.C., en pleno Preclásico Tardío, se inició la construcción de varias estructuras en el centro cívico-religioso; se erigió el primer templo piramidal, que en etapas posteriores fue sustituido, en el mismo periodo y en el siguiente, mediante su recubrimiento. En una de esas construcciones los sacerdotes ordenaron la fabricación de 14 esculturas con la representación del jaguar en ambos lados de la escalinata, sobre la fachada de los cuerpos. Los enormes mascarones de estos felinos aún hacen recordar en sus rasgos faciales ciertos atributos olmecas, antecesores de los mayas.

Durante el Protoclásico (50 a.C. – 250 d.C.) hubo un incremento importante en la densidad de la población y en el progreso del urbanismo. Aunque se encontraba plenamente determinado desde el periodo anterior, las nuevas construcciones empiezan a delinear el futuro de una importante ciudad mediana. Para entonces la cultura se había definido casi a la perfección. En el Clásico temprano (250 – 600 d.C.) el asentamiento parece haber alcanzado sus máximas dimensiones y su mayor apogeo; se modificaron las principales construcciones y se erigieron nuevas. Se construye la Acrópolis mediante varios cuerpos.

Sus habitantes vivían de la agricultura, la cacería, la pesca incipiente y el comercio. El orden de su organización social, política y económica les ayudó al progreso de su ciudad y de su región, así como a mantener vínculos con otras ciudades regionales y externas distantes.

La ciudad maya de Chakanbakán se construyó en un lugar estratégico, para poder repeler con facilidad, ya fuera por tierra o por agua, cualquier ataque externo. Las características topográficas son excepcionales; la distribución del sector central construido en la parte alta y la construcción de edificios con dimensiones extraordinarias les permitían a sus habitantes estar a salvo en caso de inundaciones y de huracanes.