Pese a que en la zona arqueológica de Tzintzuntzan ha habido una gran cantidad de trabajos arqueológicos desde el siglo XIX, y con mayor intensidad en el XX, no fue hasta el año de 1992 cuando, a instancias de arqueólogo Efraín Cárdenas, se conjuntaron una serie de esfuerzos que culminaron con la construcción de una pequeña sala introductoria al sitio, donde se exponían algunas piezas. Este fue el primer museo de sitio en Tzintzuntzan y estaba ubicado en el extremo noreste de la Gran Plataforma.

Durante las dos décadas siguientes se intentó por distintas maneras ampliar y mejorar este pequeño museo hasta que, en el año 2012, y como parte de las labores del Proyecto Especial Michoacán a cargo de la arqueóloga Olga Lidia Landa, se proyectó un nuevo espacio museístico a escasos metros del antiguo. El inmueble se desplanta en el predio conocido como la Tira y fue diseñado por los arquitectos Salvador Aceves y Saúl Alcántara, quienes se inspiraron en las formas y líneas de las yácatas, esos edificios de planta mixta característicos de la zona: sobre una gran base rectangular, varios templos de base circular. Con ese esfuerzo se pudo inaugurar el nuevo lugar, aunque por distintas situaciones no fue posible completar la propuesta museográfica.

En 2014, gracias al empuje del Centro INAH-Michoacán y la Coordinación Nacional de Museos y Exposiciones del INAH, se logró hacer una nueva propuesta museográfica más completa, que pudiera concretar el viejo anhelo de que no se tratara exclusivamente del sitio arqueológico, sino que reflejara también la amplitud y complejidad social del Señorío Tarasco y permitiera adentrarse en la historia del periodo virreinal temprano. Además, se buscó integrar todos los espacios previamente construidos en la zona arqueológica. El antiguo museo de sitio se transformó en una sala audiovisual introductoria a la historia del sitio arqueológico, mientras el nuevo edificio, a través de una museografía atractiva, va mostrando algunas de las piezas arqueológicas más relevantes de periodo Tarasco, y se aprovecha una sala audiovisual para complementar la información sobre la complicada estratificación social que existió entre los tarascos a finales del periodo prehispánico. Por otra parte, en 2015, la antigua cabaña construida en la primera mitad del siglo XX al lado de la Yácata 5 fue remodelada para usar una de sus áreas como sala de exposiciones temporales; en ella se han presentado ya distintos trabajos arqueológicos y de investigación realizados tanto en Tzintzuntzan como en otras áreas del estado de Michoacán.

Hoy, el visitante puede admirar las piezas de cerámica conocidas como patojos, vasijas trípodes, vasijas de asa de estribo y vertedera, todas ellas características de la cultura tarasca; hachas, hachuelas, agujas, cascabeles y ornamentos elaborados en bronce (aleación de cobre y estaño); bezotes, orejeras de obsidiana pulida, algunas con incrustaciones de turquesa; puntas, cuchillos y otros artefactos líticos y algunos petrograbados. Todos estos materiales permiten tener una visión general de la cultura de los estratos más altos de la sociedad tarasca, y su combinación con diversas láminas de La Relación de Michoacán permiten apreciarlos como objetos de la vida cotidiana, de rituales, de prácticas religiosas o productivas. El recorrido concluye con el final del imperio y la llegada de los españoles, sobre lo que se muestran objetos pertenecientes a ese periodo, y se da cuenta de la parte del siglo XVI cuando ambos grupos habitaron esta antigua ciudad.

Todos los contenidos expuestos en el museo, así como las cédulas interpretativas, son actualizados permanentemente a la luz de los nuevos descubrimientos resultado de los distintos proyectos arqueológicos que hoy en día se realizan en el área tarasca. Es así como el proceso de divulgación de la investigación arqueológica se constituye en un proceso dinámico de cambio continuo.