Es una de las nuevas obras museísticas más importantes que ha realizado el Instituto Nacional de Antropología e Historia desde la construcción del Museo Nacional de Antropología (1964) y el Museo del Templo Mayor (1987). Resguarda una de las colecciones arqueológicas de la cultura maya más significativas del país, pues no sólo exhibe las piezas más relevantes del actual estado de Quintana Roo, sino también una selección de objetos emblemáticos de los sitios mayas de Palenque, Chichén Itzá y Comalcalco, entre otros.

La historia de este museo no ha estado exenta de tropiezos. El primer museo arqueológico de Cancún, ubicado originalmente en un área anexa al Centro de Convenciones de esta ciudad, fue inaugurado en 1982 con el propósito de difundir entre los visitantes locales, nacionales y extranjeros la cultura de los mayas prehispánicos asentados en el norte del estado de Quintana Roo. Sin embargo, en septiembre de 1988 el pequeño recinto suspendió sus actividades debido a los graves daños generados por el embate del huracán Gilberto. Volvió a funcionar en el mes de julio de 1994, pero los sucesivos huracanes que azotaron la costa quintanarroense dañaron una vez más el edificio y el antiguo inmueble tuvo que cerrar definitivamente en 2004.

Seis años más tarde inició la construcción del nuevo Museo Maya de Cancún, proyectado con gran respeto y en armonía con las estructuras prehispánicas y el paisaje del sitio arqueológico de San Miguelito (1250-1550), que abrió sus puertas al mismo tiempo que el espacio museístico. De esta manera se ha conformado un gran complejo de poco más de ocho hectáreas que se inauguró el 2 de noviembre de 2012.

El nuevo edificio del museo, de diseño vanguardista y profundamente cuidadoso con el entorno, fue diseñado por el arquitecto mexicano Alberto García Lascurain. Todos los núcleos que componen este inmueble manejan un mismo lenguaje arquitectónico, y en él se enfatiza una imagen lineal con muros de celosía hechos de concreto. Las áreas al aire libre permiten disfrutar el clima de la ciudad de Cancún y, pese a contar con amplias superficies abiertas, conserva una sensación de resguardo por los pergolados en los andadores y áreas de circulación. El acceso al museo está presidido por un grupo escultórico del artista holandés Jan Hendrix, que representa el entorno selvático de la región (hojas-árbol-selva) sobre un espejo de agua.

El espacio de exhibición se encuentra desplantado a ocho metros de altura e incluye tres pabellones. Las salas del museo están confinadas dentro de los muros, que definen también los andadores circundantes, y cuentan con espacios recubiertos con vidrios de alta resistencia a los huracanes, lo cual permite una magnífica vista de la selva del sitio arqueológico de San Miguelito y la Laguna Nichupté. El acceso a los espacios museográficos se realiza a través de dos rampas, una helicoidal y otra recta, ubicadas en ambos extremos de las salas; también existen dos elevadores panorámicos.

La visita al museo incluye el acceso a la zona arqueológica de San Miguelito, por lo que el visitante puede realizar un recorrido completo y altamente gratificante.